آمريكا نه ملت ايران و به ظاهر براى جلوگيرى از انقلاب كمونيستى صورت گرفت، با مخالفت علما رو به رو شد و امام (ره) رفراندوم را غير قانونى اعلام كرد.
بنيانگذار نهضت روحانيت با هوشمندى فوق العاده سياسى خود، ريشه‌هاى اصلى فساد در ايران، يعنى شاه و دربار، رژيم استكبارى آمريكا، صهيونيزم و اسرائيل و بهائيانى را كه در حكومت نفوذ داشتند نشانه گرفته بود.
شاه نهضت روحانيت انقلابى را «ارتجاع سياه» نام گذاشت.
رابطه اين جريان از روحانيت با رژيم پهلوى روز به روز تيره‌تر مى‌شد و امام خمينى در عصر روز عاشورا، يعنى ١٣ خرداد ١٣٤٢، خطابه‌اى آتشين عليه رژيم در فيضيه ايراد كرد. رژيم پهلوى رهبر نهضت اسلامى را در شب ١٥ خرداد دستگير نمود كه پس از آن قيام خونين ١٥ خرداد ١٣٤٢ در تهران، قم و ورامين به وقوع پيوست.
با مخالفت علما و مراجع بزرگ و اعلام مرجعيت امام از سوى روحانيت انقلابى، رژيم ناچار شد امام را در تاريخ ١٥ فروردين ١٣٤٣ آزاد كند. هنگامى كه امام (ره) در بازداشت به سر مى‌برد، رژيم در تلاش بود تا نظريه شيطانى بودن سياست و جدايى آن از ديانت را به امام (ره) تحميل كند؛ اما ايشان در مقابل نظر پاكروان رئيس ساواك كه گفت: «آقا سياست عبارت است از دروغ گفتن، خدعه، فريب، نيرنگ، خلاصه پدر سوختگى است و آن را شما براى ما بگذاريد». فرمود: «ما از اول وارد اين سياست كه شما مى‌گوييد نبوده‌ايم.» «١» امام خمينى (ره) و روحانيان انقلابى پيرو او همچنان بر مبارزه خود عليه رژيم افزودند و سرانجام، مخالفت امام (ره) عليه كاپيتولاسيون در سال ١٣٤٣ موجب تبعيد ايشان به تركيه شد. امام (ره) در سال ١٣٤٤ به نجف رفت و در