فقدان هماهنگى با امام، ارتباط با دولت آمريكا «١» و ناتوانى در پاسخگويى به خواست امت انقلابى يك روز پس از تسخير لانه جاسوسى آمريكا در ١٣ آبان ١٣٥٨ استعفاء كرد.
مهم‌ترين مشكل اعضاى نهضت آزادى اين بود كه آنان به جاى اينكه دين را از متخصصين، يعنى مراجع عظام تقليد و روحانيت، أخذ كنند و يا خود در حوزه‌هاى علميه به تحصيل جدّى بپردازند، به مطالعات فردى بسنده كردند و از منابع غير اسلامى يعنى علوم تجربى غربى بهره گرفتند. اين روش، آنان را از اسلام ناب و روحانيت اصيل به تدريج دور ساخت و پيامدهاى زيانبارى نيز براى جامعه ايران همراه داشت.
آنان كوشيدند كه در مقابل صبغه ناسيوناليستى جبهه ملى، چهره اسلامى تشكيلات خود را تقويت نمايند، اما دكتر مصدق را به عنوان رهبر خود پذيرفتند. اعضاى نهضت آزادى در جو ماركسيستى و علم زده دانشگاه‌ها و روشنفكران، تلاش كردند از لغزيدن جوانان به ورطه ماترياليسم جلوگيرى كنند و اسلام را دينى نوگرا و همگام با پيشرفت علم و تمدن غربى معرفى نمايند. بر اين اساس، تطبيق اسلام با علم تجربى و هماهنگ سازى اصول و مبانى اسلام با ليبرال دموكراسى را در دستور كار قرار دادند. نتيجه تلاش آنها ارائه يك چهره التقاطى از اسلام بود كه در نهايت جوانان نهضت را به دليل اعتقاد به علمى بودن ماركسيسم و تأييد نهضت آزادى بر علم تجربى به سوى مكاتب غربى يعنى ماركسيسم و ليبراليسم سوق مى‌داد. جهت‌گيرى ديگر فعاليت اين گروه مخالفت با استبداد دولت حاكم بود، بر اين اساس، اعضاى نهضت در ماجراى‌