سازمان رسماً اسلام را كنار گذاشته، ماركسيسم را پذيرفتند. «١» آنها در هنگام پيروزى انقلاب و پس از آن در قالب گروه «پيكار در راه آزادى طبقه كارگر» به مقابله با نظام جمهورى اسلامى پرداختند و شكست خوردند.
پس از انشعاب اعضاى ماركسيست سازمان در سال ١٣٥٤ و اختلافات درونى دو دسته از اعضاى سازمان (ماركسيست‌ها و التقاطى‌ها)، سازمان تضعيف شد و برخى از افرادى كه دستگير نشده بودند به همراه مسعود رجوى و تعدادى كه در زندان قصر بودند، كوشش‌هاى پراكنده‌اى براى حفظ سازمان به عمل مى‌آوردند. رجوى همزمان با اوج‌گيرى انقلاب مردم مسلمان ايران در سال ١٣٥٧ از زندان آزاد شد و با كمك ساير مجاهدين سازمان را فعال كرد.
اين بخش از سازمان همچنين مواضع التقاطى و ظاهر اسلامى خود را حفظ كردند و بعدها به رهبرى مسعود رجوى پس از پيروزى انقلاب اسلامى با پنهان كردن ماهيت اصلى خود به جذب جوانان و هواداران پرداختند و كوشيدند قدرت را در كشور به دست گيرند. آنان پس از اينكه نتوانستند به قدرت برسند، از سال ١٣٦٠ وارد جنگ مسلحانه با نظام جمهورى اسلامى شدند و با ترور شخصيتهاى انقلاب، همچون شهيد بهشتى، شهيد رجايى و باهنر و همكارى با بنى صدر آسيبهاى جانكاهى بر كشور و ملت ايران وارد ساختند و سرانجام، چون در ميان مردم جايگاهى نداشتند و با مقاومت امت حزب اللَّه رو به رو شدند، از كشور گريختند و در خارج از كشور به فعاليت عليه جمهورى اسلامى ايران و حتى همكارى با رژيم بعثى عراق پرداختند و هم اكنون نيز آلت دست بيگانگانند و به خيانت خويش ادامه مى‌دهند.
غير از گروه مرتدّين و گروه رجوى، گروهى نيز به رهبرى لطف الله ميثمى در سازمان فعال بودند. ميثمى از اعضاى مرتبط با جبهه ملّى و نهضت آزادى، با افكار التقاطى در سال ١٣٤٨ به سازمان پيوست. هنگام اعدام بنيان‌گذاران‌