به هر روى با توجه به ماهيت دانشجويى اين تشكيلات، اعضاى شوراى مركزى دفتر تحكيم وحدت در حال تغييرند و افراد زير تاكنون از جمله اعضاى آن بوده‌اند: «١» على افشارى، نيما فاتح، ابراهيم شيخ، اكبر عطرى، محمدمهدى طباطبايى، عباس عبدى، حبيب‌الله بيطرف، ابراهيم اصغرزاده، معصومه ابتكار، محسن ميردامادى، مجتبى هاشمى، حسين رحيمى، ابوالفضل فاتح، مجيد فراهانى، على توكلى يركى، محمود احمدى نژاد، هدايت الله آقايى، على مغار عابد و ...
از مهم‌ترين اشكالاتى كه بر دفتر تحكيم وحدت اكنون مى‌توان گرفت عبارتند از:
يك. دور شدن از آرمان‌ها، اصول و اهداف ذكر شده در مرامنامه دفتر بويژه ولايت فقيه؛ دو. نداشتن رهبر فكرى و اجرايى برجسته و تأثيرگذار؛ سه. بهره بردارى و سوء استفاده جريان‌ها و گروههاى سياسى غير دانشجويى داخلى و خارجى از آن؛ نظير آنچه در آشوب ١٨ تير ١٣٧٨ ديده شد؛ چهار: تأثير پذيرى بسيارى از اعضاى شوراى مركزى از مكاتب سياسى غرب؛ پنج: كم توجهى به مسئله توليد علم، جنبش نرم‌افزارى، خلاقيت و ابتكار علمى در دانشگاهها.
گروه مهدى هاشمى‌ گروه انحرافى ديگرى كه علاوه بر انجمن حجتيه به نوعى در نهاد روحانيت نفوذ داشت، با عنوان «باند سيد مهدى هاشمى» و هواداران آيت اللَّه منتظرى شناخته مى‌شود.