خانى‌آباد تهران متولد شد. پدرش از روحانيان مخالف رضاشاه بود كه در جريان خلع لباس از روحانيت به ناچار از لباس روحانيت بيرون رفت و وكيل دعاوى دادگسترى شد. پدر نواب صفوى به دليل درگيرى با داور، وزير عدليه رضا شاه و نواختن سيلى به او سه سال در زندان عمر گذراند. «١» سيد مجتبى پس از تحصيل در رشته مكانيك براى تحصيل علوم دينى عازم نجف اشرف شد. همزمان با تحصيل در نجف، شاهد اوج‌گيرى افكار ضد دينى در ايران بود كه دولت رضاشاه و برخى از روشنفكران منحرف مانند احمد كسروى بدان دامن مى‌زدند. سياست دين زدايى رضاشاه پس از رسيدن كامل به قدرت- بر خلاف اوايل حكومتش- با كارگردانى روشنفكران غرب زده و حمايت دولتهاى غربى، تهاجمى سخت عليه اسلام را در پى داشت. تحقير و استهزاء باورهاى مذهبى، تضعيف روحانيت و دين داران و اجراى الگوهاى شبه تجدّد، كه هدف اصلى آن انزواى دين در جا جريان شناسى سياسى معاصر ايران ٨٩ ٢. روحانيت انقلابى ص : ٨٨ معه بود، بر غيرتمندان متدينى همچون سيد مجتبى نواب صفوى بسيار گران و تحمل‌ناپذير بود.
در اين فضاى فرهنگى فردى به نام احمد كسروى كه پيش‌تر به دليل افكار انحرافى از مدرسه طالبيه تبريز اخراج شده بود و كينه روحانيت را به دل داشت، در نوشته‌ها و سخنرانى‌هايش مذهب تشيع را به باد انتقاد گرفت. او زيارت قبور، تكريم ائمه اطهار، بزرگداشت شهادت امام حسين (ع) در ايام محرم و ساير اعتقادات شيعه را موجب بدبختى مردم ايران مى‌پنداشت. «٢» كسروى حتى در كتاب شيعه‌گرى به امام صادق (ع) توهين كرد، مصائب حضرت فاطمه (س) را دروغ خواند و وجود حضرت ولى عصر (عج) را انكار نمود. «٣»