شخصى كه مرقوم شده بود، جلساتش ضررهايى دارد، از وقتى كه مطلع شده‌ام، تأييدى از او نكرده‌ام و ان شاء اللَّه تعالى نمى‌كنم. «١» با توجه به ويژگيهاى فكرى انجمن به ويژه عدم دخالت در سياست، آيت اللَّه خامنه‌اى و شهيد هاشمى نژاد در بين روحانيت مشهد- به دليل فعاليت آنها در اين شهر- مخالف اين جريان بودند. «٢» فعاليتهاى اعضاى انجمن اذهان مردم را به سوى مبارزه با بهائيان فرامى‌خواند و از دشمن اصلى- يعنى شاه و دستگاه سلطنت- باز مى‌داشت و از اين رو حكومت هيچ گونه مانعى سر راه آنان نمى‌گذاشت و بلكه با آنان همكارى مى‌كرد. انجمن حجتيه به جاى انتظار مثبت براى امام زمان، يعنى مبارزه با ظلم و ستم و حكومت فاسد و زمينه سازى براى حكومت حق و ظهور حضرت مهدى (ع)، انتظار منفى را تبليغ مى‌كرد كه عبارت بود از عدم جلوگيرى از ظلم و فساد براى پر شدن جهان از زشتى و ستمكارى. آنان گمان مى‌كردند كه امام زمان (ع) تنها در اين صورت است كه ظهور مى‌كند.
با تشديد جريان عظيم انقلاب اسلامى، برخى از نيروهاى انجمن به صف انقلابيون پيوستند، گروهى ديگر بى تفاوت ماندند و بخشى نيز در برابر آن موضع منفى گرفتند.
با پيروزى انقلاب اسلامى، امام خمينى (ره) به مخالفت جدى با انجمن حجتيه برخاستند و انجمن ناچار شد جلسات خود را در سال ١٣٦٢ تعطيل كند. امام خمينى (ره) در پيام به روحانيت، نارضايتى خود را از فعاليتها و افكار