روحانى انقلابى سيد مجتبى نواب صفوى پس از اينكه با چندين جلسه مناظره، حاضر نشد از ارتداد دست بردارد به قتل رسيد. «١» سنگلجى نيز به نام نوآورى، در دين بدعت مى‌گذاشت و تفسير به رأى مى‌كرد. حكمى زاده نيز با نوشتن كتاب «اسرار هزار ساله» به ارزش‌هاى شيعى و روحانيت حمله مى‌كرد و امام خمينى (ره)، در پاسخ او كتاب «كشف اسرار» را نوشت. «٢» مبارزه با مكتب ماركسيسم از جمله محورهاى ديگر مبارزات روحانيان و متدينان بود كه با تأليف كتابها و سخنرانيهاى روشنگرانه صورت مى‌گرفت. در اين زمينه به كتاب ارزشمند «اصول فلسفه و روش رئاليسم» تأليف علامه محمد حسين طباطبايى و پاورقى علامه شهيد مرتضى مطهرى مى‌توان اشاره كرد.
همچنين به مبارزه با بهائيت در اين دوره اشاره مى‌كنيم كه به نوعى مبارزه با حكومت نيز تلقى مى‌شد؛ چون برخى چهره‌هاى حكومت متهم به گرايش بهايى‌گرى بودند. «٣» روحانيت شيعه اندك اندك جايگاه از دست رفته خود را در سياست باز مى‌يافت. روحانيان ضمن مبارزه با بدعتهاى دينى عصر رضا شاه، از دولت جديد مى‌خواستند كه سياست‌هاى ضد اسلامى او را پى نگيرد، زنان از حجاب اسلامى استفاده كنند، موقوفات طبق نظر واقف بر مبناى شرع مسترد شود، مدارس مختلط دختر و پسر تعطيل و دروس دينى جزو برنامه‌هاى مدارس گردد، نماز در مدارس بر پا شود «٤» و ارزش‌هاى اسلامى گرامى داشته شود. دولت‌