با پيروزى علماى اصولى در اواخر دوره زنديه و اوايل حاكميت قاجار و با احياى انديشه ولايت فقيه از سوى علماى بزرگى همچون ملااحمد نراقى و صاحب جواهر «١» در همين دوره، قدرت مجتهدان شيعه افزايش يافت.
تحول مهم ديگرى كه در مسير حركت جريان اسلامى نقش آفرين بود، پديد آمدن نهاد مرجع كل، مرجع اعلى يا عام با تلاش‌هاى فقيه بزرگ عصر ناصرالدين شاه قاجار، شيخ مرتضى انصارى دزفولى بود. «٢» شيخ انصارى از اين نهاد استفاده سياسى نكرد؛ اما اين امر در واقع احياى عملى نظريه ولايت فقيه بود كه در جريان نهضت تنباكو با رهبرى ميرزاى شيرازى نقش بسيار مهم خود را نشان داد.
سيد جمال‌الدين اسدآبادى، سلسله جنبان نهضت‌هاى اصلاحى اخير نيز طى نامه‌اى به ميرزاى شيرازى به جايگاه بلند مرجعيت شيعه، ولايت و نيابت امام زمان (ع) اشاره مى‌كند و او را به استفاده از اين قدرت نهادى تشويق مى‌نمايد. «٣» جريان اسلامى، كه اينك از رهبرى واحد برخوردار بود و نظام امامت را استمرار مى‌بخشيد، توانايى مقابله با استبداد و رهبرى جنبش عدالتخواهى را پيدا كرد. رهبران جريان از چنان قدرت و نفوذى در جامعه برخوردار شدند كه سلاطين ناچار به حفظ شئون آنها و احترام به اسلام گشتند.
در دوره سلطنت مظفرالدين شاه قاجار جريان اسلامى به رهبرى آخوند خراسانى، سيد محمد طباطبائى، سيد عبداللَّه بهبهانى، شيخ فضل‌اللَّه نورى و