با غيبت امام دوازدهم (ع) در سال ٢٦٠ ه./ ٨٧٤ م. چهار تن از نواب خاص آن حضرت، تحت رهبرى ايشان، هدايت جريان اسلامى را براى هفتاد سال بر عهده گرفتند. با آغاز دوره غيبت كبرى در سال ٣٢٦ ه./ ٩٤٠ م، رهبرى و هدايت اين جريان به جريان شناسى سياسى معاصر ايران ٥٤ ١ - ٤ - ١. نهاد روحانيت شيعه ص : ٥٣ روحانيت شيعه رسيد و استمرار يافت.
فقهاى بزرگى همچون شيخ مفيد (م ٤١٣ ه.)، سيد مرتضى (م ٤٣٦ ه.)، شيخ طوسى (م ٤٦٠ ه.) ابن ادريس (م ٥٩٨ ه.) و ديگر عالمان بزرگ با عنايت امام زمان (عج) تداوم‌بخش اين جريان شدند.
با روى كار آمدن صفويّه در قرن دهم هجرى (٩٠٧ ه./ ١٥٠١ م.) جريان اسلامى از موقعيت ممتازى برخوردار شد. با رسمى شدن تشيّع در ايران، روحانيان با كمك نيروهاى مسلمان در ابعاد مختلف جامعه و حكومت به ايفاى نقش پرداختند. سرانجام، سقوط صفويه، از نيروى جريان اسلامى كاست. حتى با روى كار آمدن افغان‌هاى سنّى مذهب و نادرشاه افشار، بسيارى از علماى شيعه ناچار شدند به عتبات عاليات هجرت كنند. جريان اسلامى دراين دوره همچنين از يك چالش درونى رنج مى‌برد و آن درگيرى ميان اصوليان و اخباريان بود.
نهضت اخبارى‌گرى به رهبرى محمد امين استرآبادى منبع استنباط فقه شيعه را در كتاب (قرآن) و سنت منحصر مى‌دانست و براى عقل حجّيتى قائل نبود. اين جريان، اجتهاد مرسوم علماى اصولى را نفى مى‌كرد و به اصول فقه اعتقادى نداشت. «١» در برابر، علماى اصولى با اعتقاد به جامعيت شريعت و پذيرش صلاحيت عقل و استفاده از اصول برائت، احتياط، تخيير و استصحاب، بر نقش كليدى اجتهاد براى پاسخگويى به مسائل شرعى پاى مى‌فشردند.