پيشرفتهاى مادى دنياى غرب، او را بر آن داشته بود تا ضمن حفظ روحيه مذهبى خود، اسلام را با تفكرات ليبرال جديد در آميزد و انديشه‌اى التقاطى بيافريند.
اثبات طهارت آب كر از طريق قوانين علم‌تجربى (بيوشيمى، فيزيك، شيمى و فرمول‌هاى رياضى) در كتاب مطهرات در اسلام و يا بررسى علمى باد و باران در قرآن علم محورى او را نشان مى‌دهد. مهم‌ترين اشكال براين شيوه‌برخورد با دين، اين است كه دين باپديده‌اى سنجيده مى‌شود كه ناپايداراست. مى‌دانيم كه قوانين‌علمى تجربى ازثبات برخوردار نيستند وهرازچندى دانشمندان نظريه‌هاى‌جديدى پيش‌مى‌كشند و برخى از نظريه‌هاى پيشين را باطل مى‌كنند، بنابراين، چنين رويكردى در نهايت به زيان دين مى‌انجامد؛ زيرا دين از منبع لايزال وحى سرچشمه گرفته و براى بشر تا ابد كارساز است و بنا كردن آن بر پايه لرزان علم تجربى تأثير منفى فراوانى دارد.
اين افكار در نهايت اثر خود را بر جوانان نهضت آزادى آشكار كرد؛ جوانانى كه بعدها از نهضت جدا شدند و سازمان مجاهدين خلق (منافقين) را بنيان گذاشتند. مجاهدين خلق بر مبناى اصالت علم به جاى اسلام، ماركسيسم را مكتب علمى يافتند و التقاطى از اسلام و ماركسيسم پديد آوردند.
فعاليت اعضاى نهضت آزادى، به رغم تلاش آنان براى پاى بندى به قانون اساسى مشروطه، خوشايند رژيم پهلوى نبود و اعضاى آن از جمله آيت اللَّه طالقانى و مهندس بازرگان در سال ١٣٤١ دستگير شدند كه محاكمه آنان تا ١٣٤٣ طول كشيد. آنان به زندان از ده سال تا چهار سال محكوم شدند. «١» نهضت آزادى در جريان شتاب انقلاب اسلامى در سال‌هاى ١٣٥٧- ١٣٥٦ دوباره فعال شد.
در آستانه پيروزى انقلاب مهندس بازرگان از سوى امام خمينى به عنوان نخست‌وزير دولت موقت منصوب شد؛ اما نه ماه پس از پيروزى انقلاب به دليل‌