رهنمودهاى وحدت بخش امام خمينى، اتحاديه انجمن‌هاى اسلامى دانشجويان سراسر كشور (دفتر تحكيم وحدت) تأسيس شد و سپس اعضاى برجسته اين تشكيلات به منظور اطمينان از سلامت كار، اساسنامه و مرامنامه خود را خدمت امام خمينى ارائه كردند. آنان از رهبر انقلاب تقاضاى نماينده‌اى كردند كه امام خمينى آيت الله خامنه‌اى را معرفى كردند.
پس از آن قرار شد شورايى بر دفتر تحكيم وحدت نظارت كند. اعضاى اين شورا را اين افراد تشكيل مى‌دادند: سيد محمد موسوى خوئينى‌ها، ابوالحسن بنى‌صدر، حسن حبيبى، محمد مجتهد شبسترى. «١» در اين دوران اتحاديه انجمن‌هاى اسلامى به همراه ساير دانشجويان ضمن دفاع از انقلاب اسلامى در برابر گروهكهاى ضدانقلاب و دانشجويان وابسته به جريان‌هاى ماركسيستى، ملى‌گرا و التقاطى، نسبت به سياست‌هاى گام به گام و سازشكارانه دولت موقت مهندس بازرگان معترض بودند. در اين ميان بخشى از دانشجويان با نام «دانشجويان پيرو خط امام» در راستاى رهنمودهاى استكبارستيزى امام خمينى و پاسدارى از استقلال كشور، حركت انقلابى فتح لانه جاسوسى آمريكا را در تاريخ ١٣ آبان ١٣٥٨ رقم زدند كه از سوى امام خمينى «انقلاب دوم» لقب گرفت. «٢» بخشى از اين دانشجويان عضو دفتر تحكيم وحدت بودند.
زمينه سازى براى ايجاد انقلاب فرهنگى در پى رهنمود امام خمينى در پيام نوروزى سال ١٣٥٩ كه خواستار انقلاب فرهنگى در دانشگاهها بودند، اقدام مهم ديگر دانشجويان مسلمان از جمله اعضاى اتحاديه انجمن‌هاى‌