مهندس موسوى كنار رفتند و اختلافات درون حزب جمهورى اسلامى نيز در نهايت منجر به تعطيلى آن شد.
با وجود اين اختلافات و پى آمدها، به دليل جايگاه والاى امام خمينى، جناح‌ها، تشكل‌ها و احزاب و گروههاى اسلامى، بر خط امامى و ولايى بودن خود تأكيد داشتند. با ويژگى‌هايى چون اعتقاد به جامعيت اسلام، پيوند دين و سياست، ولايت مطلقه فقيه، اسلام ناب محمدى و مبارزه با اسلام آمريكايى، حمايت از محرومان و مستضعفان، ضديت با استكبار و استبداد، مردم سالارى دينى، حفظ نظام جمهورى اسلامى، وحدت امت اسلامى، نامشروع بودن رژيم صهيونيستى و اعتقاد به محو آن، مبارزه با شيطان بزرگ آمريكا، اقتصاد اسلامى و مانند آن.
پس از رحلت امام خمينى، خط امام از سوى جانشين شايسته ايشان حضرت آيت الله العظمى خامنه‌اى تداوم يافت. جانشين اصلح امام، راه خود را راه ايشان اعلام كرد و همواره بر ويژگى‌هاى خط امام پاى فشرد. مقام معظم رهبرى در برهه‌هاى مختلف بويژه در ايام سالگرد رحلت امام خمينى به تبيين ويژگى‌هاى خط امام پرداخته و انحرافاتى را كه در اين راه ممكن است حاصل شود، بر همگان آشكار مى‌كند. رهبر معظم انقلاب اسلامى معتقد است كه:
امروز همه آرمان‌هاى به حقى كه اين ملت دارد، به وسيله خط امام و راه امام تأمين مى‌شود. «١» در همين راستا ايشان در مراسم سالگرد امام در ١٤ خرداد ١٣٨٧ بر وصيت نامه سياسى الهى امام خمينى پاى فشرد و ابعاد مختلف آن را تبيين كرد. بر اين مبنا و با توجه به عملكرد رهبر معظم انقلاب اسلامى در حال حاضر استمرار خط امام خمينى در اطاعت از خط آيت الله خامنه‌اى است. لذا