در اين دوره، جامعه مسلمانان با مسائل بسيارى روبه‌رو بود; مسائلى كه هريك مى‌توانست به‌گونه‌اى در تغيير مفاهيم اسلامى مؤثر باشد. نيرومندشدن نهضت ترجمه بهويژه برگردان منابع فلسفى، گسترش مجادلات كلامى، سربرآوردن مشايخ صوفيه، شكل‌گيرى زاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت، رواج افكار توجيه‌گرا، قدريه‌گرى و اعتقاد به جبر، نهضت‌هاى مسلحانه مبارزاتى، آرا فقهى مختلف و... گردابى متلاطم ساخته بود و ضرورت قيام مصلحى از يادگاران رسول‌خدا (صلى الله عليه وآله) به‌طور كامل احساس مى‌شد; مصلحى كه حق را در سطح مسائل نظرى و عملى، پاس دارد تا جريان‌هاى فكرى، فلسفى و... آن را تيره نسازد.

منطق مسلح و نهضت فكرى پيروز

براى انجام هر عملى بايد به آن احساس نياز كرد. اگر ملتى نياز درونى بر ضرورت اصلاح را احساس نكند، هرگز سوى اصلاح، تلاش و ايثار گام برنمى‌دارد. امام باقر (عليه السلام) با شناخت كامل وضعيت زمان خود در جهت ساختن اساس فكرى جامعه و پايه‌گذارى نهضتى علمى، فقهى، فلسفى و كلامى تلاش كرد. او اين نهضت را نياز ضرورى جامعه مى‌دانست و سازمان‌دهى آن را وظيفه الهى خود به‌شمار مى‌آورد. لقب شكافنده علوم و گشاينده درهاى دانش كه از سوى دانشمندان به آن حضرت (عليه السلام) داده شد; به‌سبب اين اقدام عملى اوست.

تبيين نظريه امامت اسلامى به‌شكل كامل آن، مبارزه با افكار توجيه‌گراى مرجئه، كه از فرط سستى و تن‌پرورى موضع مشخصى در برابر اشخاص و حوادث سرنوشت‌ساز تاريخى نمى‌گرفتند، ايستادگى خردمدارانه و استوار در برابر جنبش‌هاى فكرى انحرافى ديگر چون قدريه، كه حسن بصرى مبلغ آن بود و معاويه را به حكم الهى خليفه مى‌دانست، بخشى از تلاش‌هاى امام‌باقر (عليه السلام) در مسير اصلاح بنيان‌هاى فكرى جامعه است.

‌ به اعتراف دانشمندان، امام باقر و امام صادق (عليهما السلام) تنها پيشواى شيعيان نبودند; بلكه همه مذاهب اهل‌سنت تحت‌تأثير انديشه آنان قرار گرفتند. پايه‌گذاران چهار مكتب فقهى مهم اهل‌سنت از سرچشمه جوشان دانش الهى امام باقر (عليه السلام) بهره بردند و سخنان آن حضرت (عليه السلام) را بىواسطه و گاه با چند واسطه نقل كردند. ابن‌حجرهيثمى مى‌نويسد: