خوش‌سابقه و محبوب‌ درخشندگى و حسن سوابق ايشان در علم و عمل چه قبل از انقلاب و چه بعد از پيروزى انقلاب او را محبوب دل ملت و امام نموده بود كه حضرت امام با اين وصف او را به امامت جمعه تهران منصوب مى‌نمايند:
خدمت جناب مستطاب سيدالاعلام و حجت‌الاسلام آقاى حاج سيدعلى خامنه‌اى دامت افاضاته ... جنابعالى كه بحمدالله به حسن سابقه موصوف و در علم و عمل شايسته هستيد به‌امامت جمعه تهران منصوب‌مى‌باشيد.
از خداوند متعال توفيق جنابعالى را در ارشاد و هدايت مردم خواستارم. «١» محبوبيّت او در قلب امام (ره) و نزد ملت متدين ايران و ساير مسلمانان متعهد و انقلابى جهان به اندازه‌اى بود كه پس از ترور ناكام دشمنان اسلام، حضرت امام در پيام خود فرمود:
اينان با سوء قصد به شما عواطف ميليون‌ها انسان متعهد را در سراسر كشور بلكه جهان جريحه‌دار نمودند. «٢» مصلح و روشن‌بين‌ رهبر معظم انقلاب اسلامى يكى از مناديان حقيقى اصلاح‌طلبى در بين مسلمانان جهان است كه خطابه‌هاى شيرين او در نماز جمعه گوش تمام مسلمانهاى متعهد و غيور عالَم را نوازش مى‌داد. حضرت امام (ره) در اين باره مى‌فرمايد: