رهبر اداره شد و عزل و نصب و قبول استعفاى رييس آن و تعيين خط مشى كلى حاكم بر برنامه‌هاى اين سازمان برعهده ايشان مى‌باشد.
٥- تنظيم روابط قواى سه‌گانه. طبق اصل پنجاه و هفتم، قواى حاكم در جمهورى اسلامى ايران- يعنى مقننه، مجريه و قضائيه- زير نظر ولايت مطلقه امر قرار دارند از اين رو تنظيم روابط بين آنها نيز برعهده مقام رهبرى است و اگر مسأله‌اى بين آنها ايجاد شد، از طريق اعمال ولايت به وسيله رهبر حل مى‌شود.
٦- حل معضلات نظام. مقام‌رهبرى معضلات و مشكلاتى‌را كه براى نظام پيش مى‌آيد و از راه عادى- يعنى تصويب مجلس و تأييد شوراى نگهبان- قابل حل نيست، از طريق مجمع تشخيص مصلحت حل و فصل مى‌نمايد.
٧- عفو يا تخفيف مجازات محكومين. رئيس قوه قضائيه در مناسبتهاى مختلف، عفو يا تخفيف مجازات تعدادى از محكومان را- كه حائز شرايط لازم باشند- به رهبر پيشنهاد مى‌كند و در صورت تأييد وى، به مورد اجرا مى‌گذارد.
٨- صدور فرمان همه‌پرسى. هرگاه در خصوص موضوعى از امت اسلامى، همه‌پرسى به عمل آيد، رهبر دستور اجراى آن را صادر مى‌كند.
٩- تأييد مصوبات شوراى عالى امنيت ملى. «١» مصوبات اين شورا كه بالاترين مرجع تصميم‌گيرى در امور امنيت ملى است، بدون تأييد رهبر قابل اجرا نمى‌باشد. علاوه بر آن، انتخاب دو نفر از اعضاى اين شورا نيز به عهده رهبر مى‌باشد.