ديگر، مسأله دفاع را مشكلتر و پيچيده‌تر مى‌نمود. در اين حال، آيةالله‌العظمى خامنه‌اى، لباس رزم به تن كرده و به فرمان رهبر كبير انقلاب اسلامى، حضرت امام خمينى قدس سره به منظور سازماندهى و بسيج نيروهاى رزمنده، عازم جبهه‌هاى نبرد حق عليه باطل گرديد و در پايان هر هفته به تهران آمده و حوادث جنگ را در خطبه‌هاى نماز جمعه، براى مردم بازگو مى‌نمود و پس از اقامه نماز دوباره روانه جبهه‌ها مى‌شد و در كنار رزمندگان اسلام قرار مى‌گرفت. «١» معظم‌له خود برخى از مسائل آغاز جنگ را اين‌گونه توضيح داده‌اند:
من خاطرات زياد و تخلى از آن زمان كه امام‌جمعه و نماينده و مشاور حضرت امام در شوراى عالى دفاع بودم و بنى صدر رئيس شورا بود، دارم.
آن روزها ما ارتش منظم و منسجمى نداشتيم و تازه كليدهاى ارتش در دست بنى‌صدر بود و او هم اصلًا غمش نبود و در نقشه‌هاى رؤيايى خود سير مى‌كرد. در حالى كه بچه‌ها و جوانهاى ما با دست خالى يك تنه در مقابل دشمنى كه تا درون شهرها پيش آمده بود ايستادگى مى‌كردند و براى دريافت يك قبضه اسلحه و يا «آر. پى. جى» پيش ما التماس مى‌كردند و ما مسائل را به بنى صدر اطلاع مى‌داديم ولى او اقدامى صورت نمى‌داد. «٢» نماينده مجلس شوراى اسلامى؛ با شروع انتخابات دوره اول مجلس شوراى اسلامى، آيةالله‌العظمى خامنه‌اى، نامزد نمايندگى مجلس از تهران گرديد و با اكثريت عظيم (حدود يك ميليون و چهارصد هزار رأى)