در دوره اول به مجلس راه يافت. در اين دوره بود كه افشاگريها و سخنان آتشين ايشان موجبات رسوايى خائنان و وطن‌فروشان را فراهم نمود، چنانچه در ٥ تير ماه سال ٦٠، با نطق شجاعانه و صريح خويش، پرده از خيانتهاى بنى‌صدر و منافقان برداشت و موجبات عزل او را از رياست جمهورى، فراهم ساخت. اما منافقان كوردل كه ديگر دستيابى به قدرت را محال مى‌ديدند، دست به ترور شخصيتهاى تراز اول كشور زدند. از اين رو، در روز ششم تير ماه [يك روز بعد از نطق مهم ايشان‌] حضرت آيةالله‌العظمى خامنه‌اى در حالى كه در مسجد ابوذر سخنرانى مى‌كرد، مورد سوء قصد ناجوانمردانه منافقان قرار گرفت و از ناحيه دست و سينه بشدت مجروح گرديد و در ميان تأثر و تأسف انبوه مردم، به بيمارستان انتقال يافت و خوشبختانه به صورتى معجزه‌آسا از مرگ نجات يافت و به آغوش ياران انقلاب بازگشت. حضرت امام امت قدس سره دراين‌باره مى‌فرمايد:
اينان [منافقان‌] آن قدر از بينش سياسى بى‌نصيبند كه بى‌درنگ، پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پيشگاه ملت، به اين خيانت دست زدند و به كسى سوء قصد كردند كه آواى او به صلاح و سداد، در گوش مسلمين جهان طنين‌انداز است. «١» رياست جمهورى؛ حضرت آيةالله‌العظمى خامنه‌اى در سال ٦٠، پس از شهادت رئيس‌جمهورى اسلامى ايران شهيد محمدعلى رجايى (ره)، اين مسؤوليت حساس و سنگين را عهده‌دار شد و در مهرماه همان سال با ٩٥ درصد كل آراء مردم ايران به‌عنوان سومين رئيس جمهور اسلامى ايران،