سپس به تعلیم و تربیت مردم بهبهان همت گمارد به نحوي که دانشمندان بزرگی از اهل آنجا در بهبهان وکربلا ازحوزه درسش به درجه‌ی عالیه اجتهاد نایل آمدند و روزی که از بهبهان بیرون آمد دیگر خبری از آن همه سر و صدای اخباری و جهل و نادانی نبود.

در طول اقامت در بهبهان، آوازه‌ی آقا محمد باقر بهبهانی همه جا را فرا گرفته بود.

آقا سیّد صدرالدین همدانی در نجف اشرف و شیخ یوسف بحرانی صاحب حدائق در کربلا هر کدام پیشوا و مرجع اصولی و اخباری بودند.

مع هذا آوازه‌ی آقا باقر بهبهانی در ایران و عراق طنین انداز بود و همه انتظار روزی را داشتند که آقا باقر به مقامی که شایسته‌ی نبوغ و استعداد و شخصیت عالیقدر اوست، برسد. آقا هم به مقامی رسیده بود که محیط بهبهان را برای طیران روح بلند پرواز خود کافی نمی‌دید به خصوص که می‌دید اخباری ها در کربلا چه محشری بر پا کرده‌اند و چگونه اساس اجتهاد در مرکز علمی نجف وکربلا دچار تزلزل گردیده و بازار آن کساد شده است.

از این رو عزم خود را برای رفتن به عتبات و مقابله با علمای بزرگ اخباری که در کربلا گرد آمده بودند جزم کرد.

هجرتي ديگر

در بهبهان معروف است که علت مهاجرت آقا از آن شهر این بوده که خواجه عزیز کلانتر روزی موقع نماز به آقا می‌گوید:

آقا ببینید بر اثر دستوری که داده‌ام چقدر مردم در نماز جماعت شما شرکت کرده‌اند و جمعیت چقدر زیاد شده است.