کثرت ايشان(صوفيه) در اواخر به نوعي ازدياد پذيرفت که علماي اسلام از پادشاه مستدعي شدند که تا هنوز فتنه و فساد ايشان رخنه و ثلمه در بنيان ملّت و ارکان دولت نيفکنده است به استيصال و قلع و قمع اين گروه بپردازد، و سلطان نيز ـ علي هذا ـ همت بر دفع ايشان گماشته، آتشي که بناي بالا گرفتن داشت، علي‌العجاله فرو نشست.[١]

موقعي که کار بدانجا رسيد که علماي شهرها کم‌کم از بيم کثرت مريدان معصومعلي ‌شاه و نورعلي در مبارزه‌ي با آنها احتياط مي‌کردند، مرحوم آقا محمد علي قدم به ميدان گذارد، چون در آن ايام (سال١٢١١ق) معصومعلي به دعوت صوفيان کرمانشاه مخفيانه به آن شهر رفته بود، و سايرخلفايش در شهرها پراکنده شده و هرکدام به کار خود مشغول بودند، آقا محمد علي هم او را گرفته در خانه‌ي خود محبوس ساخت.

خبر دستگيري معصومعلي‌شاه توسط آقا محمد علي، به حاجي ابراهيم خان شيرازي (صدراعظم وقت) رسيد و در پي آن براي روشن شدن سبب و دستگيري معصومعلي‌شاه بين ابراهيم خان و آقا محمد علي نامه‌هايي رد و بدل شد.

آقا محمد علي در اين نامه‌ها به تفصيل عقايد و اعمال صوفيه را گزارش داده و احوال معصومعلي ‌شاه و مريدانش را وصف کرده و به شرح چگونگي محاکمه معصومعلي ‌شاه و عدم آگاهي وي براحکام ساده شرعي و فساد عقيده‌اش پرداخته است.

[١]. همان .