بعد از ابرام و الحاح بسیار، قبول فرمود. و از پیشگاه جم جاه (فتحعلی شاه) مراسله‌ای مشتمل بر مراسم تعزیت داری نیز رسید، و امور مفوضه به آن مرحوم ( آقا محمد علی ) از قبیل متوجه شدن موقوفات سرحد فیض آثارحضرت امیرالمؤمنین علیه السلام که در بلده می‌باشد، و اجرای اوامر و نواهی به ایشان تفویض نمودند.

صاحب مرآت الاحوال در بخش شرح حال خود از آقا محمد جعفر نیز نام برده و می‌گوید:

حضرت پادشاه جم جاه فتحعلی شاه را با وی رسم مراسلات و نهایت الطاف و مهربانی و اشفاق است، امامت جمعه و جماعت و اجرای حدود شرعیه به خدمتش مرجوع و به انجام می‌رساند.

بسیار گوشه‌ گیر و عزلت‌ طلبند و در مجلس تا به حدّ ضرورت نرسد، لب به سخن نمی‌گشاید.کوچک ترین شاگردانش اگر با او دعوی همسری ؛ بلکه برتری کند، اصلاً ملول و رنجور نمی‌شود و بسیار است که در مجلس اش شاگردان لب به افاده گشوده‌اند؛ غضب الهی را گاهی در مزاجش راه نیست، هرکه را، او بدی کند بجز احسان چیزی نمی‌یابد .

آقا محمد جعفر، سرانجام درسال ١٢٥٩ هـ.ق برابر ١٢٢٢ ش در شهرکرمانشاه دار فانی را وداع گفته و در مقبره خانوادگی آل آقا دفن شد.