سرانجام ایام فترت به سرآمد و شیخ علی خان (در سنه ١٠٨٣ ق) نواب اشرف را به نوازشات خسروانه اختصاص داد و از طرف خود با عزت و اکرام و افتخار به کار خویش منصوب نمود و پس از آن دیگر شاه به نوشیدن شراب و ادارش نکرد (ژ، همان، ج٨، ص١٥٩).

مرحله دوم وزارت وی که از سال ١٠٨٣ ق آغاز شده، یکی از طولانی‌ترین ادوار وزارت در تاریخ صفویه بود. شیخ علی خان در طی این مدت طولانی اختیارات زیادی در اداره کشور کسب کرد و به این وسیله تأسیسات و اصلاحات اساسی در ساختارهای متعدد حیات اداری، اقتصادی، نظامی و سیاسی کشور به وجود آورد.

ویژگی‌های شیخ علی خان: توصیفاتی که در برخی منابعِ مربوط به عصر صفوی در مورد ویژگی‌های اخلاقی شیخ علی خان وجود دارد، به اتفاق نکات غالباً مثبت در وی می‌باشند، آنچه در مورد وی بیش‌تر نقل شده است:

دلبستگی‌های مذهبی وی می‌باشد. او حتی ظاهر خود را برخلاف رسم دربار به شکل یک مسلمان معتقد در آورده بود. شیخ علی خان شخصیت بسیار عاقل، باهوش و فوق العاده متفکر و مدبر و کامل العیار بود (همان، ج٣، ص١٠٩).

قد و قامت شیخ علی خان فوق العاده متناسب و رشید و شایان توجه بود، صورت و سیمایش نیز جلوه بسیار خوب و خوشی داشت؛ قیافه او از حیث برازندگی عدیم النظیر به نظر می‌رسید. آرامش مدام و ملایمت از چشمان روشن و رخسار ساده‌اش، تجلی می‌کرد؛ به طوری که به هیچ وجه آثار و علائم اشتغال خاطر که در قیافه اغلب وزرای اعظم مشاهده می‌شد در صورت وی دیده نمی‌شد.

در سیمایش نشانه‌های یک اندیشه آرام و آزاد و قادر به کفِّ نفس کامل و مسلط بر خویشتن نهان بود، به طوری که اگر کسی قبلاً او را می‌شناخت به هیچ وجه نمی‌توانست وی را مصدرِ مهمّات و معضلات یک امپراطوری عظیم و وسیعی بداند. کسانی که او را می‌شناختند خوارق عاداتی از زندگی ساده و مختصر وی حکایت می‌کردند.