سال عزل شیخ علی خان ١٠٨٢ ق ذکر شده است (مشیزی، همان، ص٣٨٨). علت ظاهری عزل وی را از وزارت، مخالفت وی با شراب‌خواری شاه یا حداقل عدم همراهی با شاه در شراب‌خواری دانسته‌اند (همان).

در مورد علت عزل شیخ علی خان روایتی دیگر نیز هست که جای تأمل دارد:

این روایت توسط نماینده کمپانی انگلیس در ایران نقل شده است، او خبر داده است که شاه سلیمان در یکی از حالات مستی به کور کردن یکی از برادران خودش فرمان داده بود. ملکه مادر با نظر او مخالفت می‌کند؛ اما این عمل مادر، خشم شاه را برمی‌انگیزد. چنان که شاه شمشیر می‌کشد و مادرش را زخمی می‌کند و به دستور پسرش شاه سلیمان از درمان او خودداری می‌کنند. او نیز با پرت کردن خود از بالای بام، اقدام به خودکشی می‌کند. در این هنگام شیخ علی خان به این عمل شاه اعتراض می‌کند و شاه خشمگین شده و او را از وزارت عزل کرد.

در ایام غیبت وی از وزارت، هرگز صدر اعظمی به جای وی منصوب نشد (ژ، همان، ج٥، ص١٨٢).

شاردن می‌نویسد: در ایام قترت مزبور، سه نفر از بزرگان دربار متعهد به اداره امور وزارت اعظمی بودند (همان، ج٣، ص١٠٨).

به نظر می‌رسد در ایام غیبت شیخ علی خان از وزارت، عمده کارهای مربوط به وزارت را کیخسرو خان تفنگچی آقاسی انجام می‌داد و میرزا صادق مستوفی الممالک به امور داد و ستد دفتری می‌پرداخت و کیخسرو بعدها وظیفه وی را نیز ضمیمه خود نمود و به این وسیله به اقتدار خود افزود (مشیزی، همان، ص٣٨٨).

به نظر می‌رسدکه قصد شاه سلیمان از عزل شیخ علی خان، هرگز عزل قطعی و همیشگی وی نبوده باشد. چه اولاً به جای او اعتمادالدوله‌ای انتخاب نکرد، ثانیاً شیخ علی خان در طول مدت غیبت خود گاه‌گاهی به حضور شاه می‌رسید، چرا که او را ازحضور در دربار محروم نساخته بودند (ژ، همان، ج٣، ص١٠٨).