جمادی‌الاول ١١٧٨ هـ. ق برابر با ١١٤٣ ش بوده، وی به اتفاق والد مرحوم به ایران آمده، مدتی در دارالمؤمنین قم در خدمت بندگان فاضل کامل مرجع الاکابر و الافاضل و مجتهد الزمان مطاعی جناب میرزا ابوالقاسم جاپلاقی (قمی) مدظله العالی مصنف کتاب قوانین الاصول تلّمذ نموده و از برکت تربیّت و انفاس آن وحید دهر از فضلای عالی شأن شد.

بعد از آن؛ مدتی به خدمت والد بزرگوار به استفاده مشغول گردید و برخی ایام را در مجلس شریف بندگان مستغنی الالقاب فرید الدهر وحید العصر جناب آقای میر سیّد علی طباطبائی (صاحب ریاض) مدظله از مستمعان افادات شرعیه بود، از افضال جناب باری و امداد انفاس شریفۀ آبائی و اجدادی و علمای اوتاد به درجۀ کمال رسید.

در فوائد الرضویه از تکمله امل الآمل نقل می‌کند که در ترجمۀ آقا محمد جعفرگفته است:

عالم فاضل فقیه محقق، مجتهد ربانی، زاهد عابد مقدس ورع، جامع فنون علم و انواع فضایل در تحقیق اصول معروف و نیکو محاضره و بسیار متواضع و در برآوردن حوایج مردم ساعی بود.

صورت اجازۀ مرحوم شیخ جعفرکبیر را که به آن فقیه عالی مقام داده در یاداشت های خطی مرحوم آقا جمال الدین مقامع که از صفحۀ آخرکتاب قضاء و شهادات شرح مفاتیح او نقل کرده است؛ دیده‌ام که حاکی از مقام ارجمند و شخصیت بلند پایه آقا محمد جعفر نزد اساتیدش می‌باشد.

همچنین در مرآت الاحوال ذیل شرح حال آقا محمد علی می‌نویسد:

و بعد از سه روز تعزیه‌داری ( در وفات آقا محمد علی ) بندگان فتحعلی‌خان (حاکم کرمانشاه) با اعاظم و ارکان واهالی آن سامان در روز جمعه به خدمت بندگان عالی جاه، معلا القاب فضائل مآب، مجتهد الزمان و فقیه