در سال ( ١٢١٣ ق) فتحعلي‌شاه با صلاحديد آقا محمد علي و کمک حاجي ابراهيم خان شيرازي صدر اعظم وقت، مظفرعلي ‌شاه، مريد نور علي ‌شاه را با بعضي ديگر از صوفيه دستگيرکرد و به کرمانشاه فرستاد، مظفر علي ‌شاه مدتي در منزل آقامحمدعلي زنداني بود تا آنکه در سال (١٢١٥ق) مرموزانه از دنيا رفت.[٢]

البته برخي از منابع تاريخي،[٣] مرگ مظفر علي ‌شاه را نيز به آقا محمد علي نسبت داده و منشاء آن را ؛ نامه کفرآميز وي به مرشد خود نور علي ‌شاه در سال (١٢١١ ق) دانسته‌اند که در آن وي را به صفات خدايي خوانده بود.[٤]

لازم به ذکر است که تنها قتل معصومعلي ‌شاه به دست آقا محمد علي کرمانشاهي مسلّم است، ولي از آنجا که از قتل معصومعلي ‌شاه در تاريخ و منابع صوفيه به شهادت و نيز فاجعه‌اي دردناک تعبير شده و غالباً آقا محمد علي را مسبّب دستگيري و قتل شماري از صوفيان در تهران و شهرهاي ديگر دانسته‌اند، او را صوفي کُش لقب داده و از او به زشتي ياد کرده‌اند و همکاري و ارادت فتحعلي ‌شاه قاجار و صدر اعظم او حاجي ابراهيم‌خان شيرازي را نشانه دنيا پرستي و جاه‌طلبي دانسته‌اند.[٥]

[١] . آل‌آقا، همان: ١٨٩.

[٢] . حبيب‌آبادي، محمدعلي، همان: ٥٥٨/٢ ؛ معصوم علي‌شاه، همان: ٢٠٧/٣ ؛ شيرواني، زين‌العابدين، همان: ٨٣٤.

[٣] . شيرواني: ٤٨٤.

[٤] . براي نامه مزبور نک: بهبهاني،آقامحمدعلي ، همان: ٩٦/١.

[٥] . تنکابني، ميرزا محمد، همان: ١٩٩؛ نفيسي، سعيد، همان: ٤٣/٢ ؛ شيرواني، زين‌العابدين، همان: ٨٣٤ و٦٥٧.