موسوعة العتبات المقدسة - الخليلي، جعفر - الصفحة ٢٧٣ - مكتبة الشيخ محمد باقر الأصفهاني
المثل، بيد ان المخطوطات القديمة النادرة في مكتبة الشيخ جعفر كانت اكثر من المخطوطات النادرة في مكتبة بحر العلوم بسبب الاسفار التي قام بها الشيخ جعفر و دأبه في البحث عن الكتب في جميع مظانها في تلك الاسفار و اقتنائه لها.
و كان تأسيس هذه المكتبة في اواخر القرن الثاني عشر الهجري، و حين توفي مؤسسها انحصرت هذه المكتبة بابنه الكبير ثم بأخيه الشيخ علي في قصة سنأتي بخلاصتها في تاريخ مكتبة الشيخ علي آل الشيخ محمد رضا الشيخ هادي الشيخ عباس كاشف الغطاء.
مكتبة آل محي الدين
هي مكتبة الشيخ محمد بن الشيخ يوسف محي الدين احد علماء هذه الاسرة؛ و كانت عنده كتب عدت بالالوف. و قد أشار اليها الشيخ علي كاشف الغطاء و عدها من المكتبات المهمة بما كانت تحتوي عليه من نفائس الكتب. و حينما مات بيعت هذه الكتب و قد رأيت انا البعض منها في مكتبة الشيخ قاسم محي الدين و قد كتب عليها الشيخ قاسم انه اشتراها من بعض من وجدها عنده لان عليها حواشي بخط الشيخ محمد الشيخ يوسف، و كان تأسيس هذه المكتبة في اواخر القرن الثاني عشر الهجري.
مكتبة الشيخ محمد باقر الأصفهاني
قال الشيخ جعفر محبوبة نقلا عن (نهج الصواب) : جمع هذا الشيخ كتبا نفيسة في سائر الفنون و كان يشتريها بأغلى القيم، و استنسخ جملة كثيرة