موسوعة العتبات المقدسة - الخليلي، جعفر - الصفحة ٢٩١ - مكتبة الشيخ علي آل الشيخ محمد رضا الشيخ هادي الشيخ عباس
٣-شرح (صدور مقالات اقليدس) لابن الهيثم.
٤- (شرح ما لا يحضره الفقيه) للمجلسي، الجزء الاول.
٥-ديوان (القيراطي) .
٦- (الخلاف) للشيخ الطوسي و منه نسخة في مكتبة الامام الحكيم.
٧- (رجال الخليلي) تأليف الحاج ملا علي الخليلي في علم (الرجال) و تراجمهم.
٨-رجال (اللاهجي) للملا محسن فيض.
٩- (درة التاج) في الهندسة.
١٠- (غاية المرام) للصيمري.
١١-كتاب (عن نبوخذ نصر) مكتوب على رق الغزال و مخطوط قبل الاسلام.
١٢- (نثر الدرر) للوزير الآبي، و يقول الشيخ جعفر محبوبة ان هذا الكتاب قد اخذه محمد امين الخانجي المصري عند مجيئه النجف ليطبعه في مصر فلما وصل محله راجع الشيخ بضياع الكتاب ثم اضاف الشيخ جعفر قائلا (هكذا فليكن الامين) [١]
١٣- (تذكرة العين) لعلي بن عيسى و لهذا الكتاب قصة ملخصها ان هذه النسخة فريدة و هي مفقودة و قد جاءنا من جامعة (مشيغن) عن
[١] ماضي النجف و حاضرها ج ١ ص ١١٣. مستخلص من كتاب (نهج الصواب) .