سياسى چون سازمان جوانان مسلمان (١٣٤٨ ه. ش.) «حزب اسلامى افغانستان» (١٣٥٢ ه. ش.) «جمعيت اسلامى افغانستان» (١٣٥٤ ه. ش.) و به ويژه بعد از ظهور كمونيستها در صحنه سياسى افغانستان (دوران حكومت جمهورى داوود خان و حكومت كمونيستى و ...) و نيز به تأثير از انقلاب اسلامى و به تأسى از حكومت جمهورى اسلامى ايران، خواستار «استقرار حكومت اسلامى» (سومين هدف تاريخى) در افغانستان شدند. «١» نقش علما در رهبرى حركتهاى اسلامى افغانستان‌ با مراجعه و بررسى وقايع مهمّ تاريخى معاصر افغانستان همانند استقلال افغانستان، دفع تجاوز روسها و سرنگونى رژيم كمونيستى نجيب الله، به وضوح مى‌توان نقش منحصر به فرد علماى مذهبى در رهبرى حركتهاى اسلامى افغانستان را مورد تأييد قرار داد.
علماى مذهبى همواره نقش ممتاز در جنبشهاى ضد انگليسى و كسب استقلال افغانستان داشتند. طى اين سالها، علمايى چون «سيد احمد بريلوى» در سال ١٢١٠ ه. ش.
«ملا دين‌محمد اندرى» معروف به «ملا مشك» در سال ١٢٢٠ ه. ش. و «مشك عالم» در سال ١٢٥٨ ه. ش.، قيام عليه انگليسى‌ها را رهبرى كردند. همچنين علما در رهبرى وقايع سال ١٢٩٨ ه. ش. كه منجر به كسب استقلال افغانستان گرديد، از نقشى ويژه و برجسته اى برخوردار بوده اند. در اين سال «محمود ترزى» شاگرد سيد جمال الدين، جنبشى را كه خواهان حمايت شاه «حبيب‌الله» از تركيه (جنبش خلافت) عليه انگليس بود، هدايت مى‌كرد. انقلابيون شاه را پس از اعراض از اين خواسته به قتل رساندند. و سپس «امان الله» را به پادشاهى افغانستان برگزيدند. شاه جديد با اتكا به جامعه روحانيت و مردم، استقلال افغانستان را به طور يك جانبه اعلام كرد. «٢» رهبرى حركتهاىِ اسلامى ضد دولتى در سالهاى پس از استقلال نيز با روحانيت بود.
در اين اثنا، نام عالمى شيعى «سيد اسماعيل بلخى» و عالم سنى «غلام محمد نيازى»