انگيزه صربها براى شروع جنگ عليه بوسنيايى ها بوده است. در حاليكه مقابله با نژادپرستى، حراست از تماميت ارضى و پاسدارى از اعتقادات مذهبى از انگيزه هاى مردم بوسنى و هرزگوين در دفاع از خويش به شمار مى‌رود. علاوه بر آن در جنگ اخير و جنگهاى گذشته، بوسنيايى‌ها به دنبال هدفهاى زير هم بوده‌اند.
١- تشكيل حكومت اسلامى: بر اساس اعلاميه اسلامى كه از سوى «على عزت بگوويچ»- از رهبران حركت اسلامى بوسنى رئيس جمهور بوسنى و هرزگوين در دهه ٧٠ ه. ش./ ٩٠ م- منتشر شده است، تشكيل نظامى اسلامى در كشورى كه از اكثريت مسلمان برخوردار است، اجتناب ناپذير است. «١» زيرا بين اسلام و انسان، يك هماهنگى ذاتى وجود دارد. بر اين پايه اسلام يك نياز براى اداره زندگى است. به عقيده بگوويچ با استقرار اسلام، حقوق بشر، آزادى و امنيت اجتماعى برقرار مى‌شود و اقليتهاى غير مسلمان هم به شرط وفادارى به نظام اسلامى، از آزادى مذهب، خدمات اجتماعى و امنيت همه جانبه بهره مند خواهند شد. بدين سان اسلام نظم جديد اجتماعىِ مطلوب را برقرار مى‌كند كه جلوه‌اى از سلطنت خدا بر روى زمين است. «٢» ٢- دستيابى به استقلال: در سال ١٠٧٨ ه. ش./ ١٦٩٩ م. در پى شكست عثمانيها، بوسنى به اشغال اتريش درآمد. از آن پس تلاش براى دستيابى به استقلال از دست رفته از سوى بوسنيايى‌ها ادامه يافت. على رغم مساعى فراوان، بوسنى پس از سلطه اتريش، تحت سلطه امپراتورى اتريش- مجارستان، فدراسيون پادشاهى يوگسلاوى و فدراتيو سوسياليستى يوگسلاوى باقى ماند. بعد از فروپاشى حكومت كمونيستى يوگسلاوى، مردم بوسنى به پيروى از مردم كرواسى، اسلوونى و مقدونيه، در ٢٢ اسفند ١٣٧٠ به جدايى از يوگسلاوى و تشكيل جمهورى بوسنى و هرزگوين رأى دادند. استقلال بوسنى و هرزگوين كه به عقيده صربها مغاير تأسيس صربستان بزرگ است، در ١٩ فروردين ١٣٧١ ه. ش. مورد تعرض نظامى صربستان قرار گرفت. «٣» ٣- مسلمان باقى ماندن: بوسنيايى ها از پيروان «فرقه مسيحى بوگميل» بودند. اين فرهنگ كه به معناى دوست داشتن خداست، باعث شد كه با ورود اسلام به بوسنى و هرزگوين، مردم با جان و دل اسلام را بپذيرند و به آن پايبند باقى بمانند. در دورانى كه‌