به مخالفت آيت الله گلپايگانى با تعمير مدرسه‌ى فيضيه؛ زيرا موقع اشغال مدرسه‌ى فيضيه در شهريور ماه ١٣٤٦- به بهانه‌ى تعمير- طلاب حوزه‌ى علميه‌ى قم در منزل مراجع تقليد از جمله آيت الله گلپايگانى دست به تحصن زدند. ايشان به خاطر هجوم سربازان رژيم به مدرسه‌ى فيضيه نماينده‌اى نزد شاه مى‌فرستند و با احضار وزير دربار به قم، اين‌گونه حركات را كه منجر به دخالت بيشتر رژيم در امور حوزه مى‌شود هشدار داده، به نوعى حمايت خود را از روحانيون مبارز نشان مى‌دهند.

آيت الله سعيدى از آن‌جا كه به جايگاه دينى و سياسى آيت الله گلپايگانى در مقابله با رژيم پهلوى در دوران تبعيد امام خمينى قدّس سرّه پى برده بود، در مناسبت‌هاى مختلف كه رژيم پهلوى مى‌خواست به مقدسات اسلامى مردم هجوم آورد از ايشان براى مقابله با حركات ضددينى پهلوى كمك مى‌خواستند و طى نامه‌هاى مختلفى حركات رژيم را به اطلاع آيت الله گلپايگانى و ديگر مراجع قم مى‌رسانيدند.[١] به طورى كه در جريان بدرفتارى رژيم عراق با ايرانيان مقيم آن كشور و زوار ايرانى، حجة الاسلام نور الدين علوى طالقانى- برادر آيت الله سيد محمود طالقانى- نقل مى‌كنند:

«بنده در يك جلسه‌ى خصوصى كه با آيت الله سعيدى داشتم به وى اظهار كردم كه در رابطه با اين موضوع شما حكم جهاد نداديد؟ سعيدى گفت براى چه؟ وى جواب داد براى اين‌كه نمايندگان مجلس گفته‌اند كه روحانيون همگى بايد با اين اعمال دولت عراق نسبت به ايرانيان حكم جهاد بدهند ...»

و اضافه مى‌كند كه چند روز پيش در قم خدمت آقاى گلپايگانى رسيدم و ايشان از حمله‌اى كه روزنامه‌ى آيندگان و فرمان به يكى از روحانيون قم نموده بود اظهار تأسف نمودند و گفتند منظور اين دو روزنامه من بودم؛ چون اين‌جا آمدند و خواستند كه من اقداماتى بكنم، ولى جواب رد شنيدند و حاج مهدى پسر آقا گفت كه پدرم به آن‌ها گفت:

«شما به حرف ما مى‌رويد كه ما به حرف شما برويم؟ شما درباره‌ى سينما كه يك امر جزيى است، گفتم اقدامى نكنيد، نسازيد؛ ولى هيچ توجهى نكرديد.

[١]. ر. ك: همان، ص ١٧٨، تاريخ نامه ٧/ ١/ ٤٧