اين تفكر نه تنها تشكيل نظام اسلامى و حاكميت سياسى دين را تخطئه مى‌كند، بلكه اصل دخالت دين در سياست را نيز با اشكال مواجه مى‌سازد. آيت الله گلپايگانى، در برابر اين شبهه با تمسك به سنت و سيره‌ى پيامبر (ص) و امير المؤمنين (ع) درباره‌ى ماهيت و كيفيت قوانين اسلام از جهات مختلف- احكام مالى، جزايى، حقوقى، دفاعى- و ضرورت استمرار اجراى احكام و لزوم وحدت مى‌فرمايند:

«... علما در مقام و منصبى كه هستند به كمك اجنبى حاجت ندارند ... روحانيت تحت نظر مستشاران بيگانه اداره نمى‌شود ... ما براى حفظ استقلال مملكت شيعه و حمايت از دين، همه‌گونه مصيبت را استقبال مى‌كنيم و به آن‌ها كه مى‌گويند روحانيت نبايد در سياست دخالت كند، اعلام مى‌كنم كه دين ما دين اسلام و سياست ما سياست اسلامى است و مسلمان از سياست و نظارت در امور كشور اسلامى نمى‌تواند بر كنار بماند ...»[٢]

آيت الله گلپايگانى در طول دوران حيات فكرى و سياسى خويش در مقاطع مختلف و خاصى به بررسى شكل نظام سياسى اسلام پرداخته‌اند و باتوجه به شرايط زمانى و مكانى، مصلحت و ضرورت مواضع خود را درباره‌ى نظام سياسى اسلام و شكل حكومت در اعلاميه‌ها، پيام‌ها و كتاب‌هاى «امر به معروف و نهى از منكر» و «مسائل اجتماعى اسلام» و ... در رد شبهاتى كه نظام سياسى تشيع و روحانيت را ضد نظم و حكومت معرفى مى‌كرد، بيان نموده‌اند؛ وى در طى سال‌هاى آغازين نهضت به نفى شكل حكومتى حاكم و بيان بعضى از مشخصه‌هاى نظام اسلامى پرداخته‌اند.

درباره‌ى دخالت علما در سياست از بيانات پس از پيروزى انقلاب اسلامى ايشان و ديگر نظرات وى، مى‌توان در فهم نظريه‌ى نهايى او در اين رابطه بهره جست؛ زيرا معظم له همواره در جهت تأييد انديشه‌هاى فقهى- سياسى امام خمينى قدّس سرّه و حفظ موقعيت ايشان گام برداشته و نظام اسلامى حاكم در ايران را تثبيت نموده‌اند. آيت الله‌

[١]. عباسعلى عميد زنجانى، فقه سياسى، امير كبير، تهران ١٣٦٧، ص ١٧٥

[٢]. مركز اسناد انقلاب اسلامى، پيشين، ص ١٣٦