انتقال امام از تركيه به عراق را در سيزدهم مهر ١٣٤٤ اجرا كرد. تصور كارشناسان اين بود كه وى در نجف به صورت يكى از مراجع و به دور از ايران به درس و بحث علمى خواهد پرداخت و به اين ترتيب ديگر خطرى براى شاه، آمريكا و اسرائيل نخواهد بود. امام به همراه فرزندش حاج آقا مصطفى از تركيه وارد نجف شد. اگرچه انتشار اين خبر تا حدودى مردم را شاد كرد، اما اقامت امام در عراق مردم را از رژيم شاه راضى نكرد.

امام در نجف مورد استقبال مراجع و علماى شيعه عراق قرار گرفت و مبارزات سياسى و علمى خود و رهبرى نهضت اسلامى در ايران را آغاز كرد. فعاليت‌هاى مبارزاتى و علمى امام در حدود سيزده سال اقامت در نجف، زمينه‌ساز انقلاب اسلامى و پيروزى و پى‌آمدهاى آن است كه خود تحقيق جداگانه‌اى را مى‌طلبد.

نوارهاى سخنرانى و درس‌هاى ولايت فقيه و اعلاميه‌هاى امام، دست به دست ميان مردم مى‌گشت و مردم و مبارزان حركت‌هاى سياسى خود را طبق نظر ايشان انجام مى‌دادند.

در اين زمان سازمان‌هاى اطلاعاتى و امنيتى تبليغ مى‌كردند ايران جزيره ثبات و بهشت سرمايه‌داران است، در حالى كه در اقشار مختلف، آمادگى براى انقلاب در حال شكل‌گيرى بود.

ارتباطات با علما، گروه‌ها و دانشجويان در داخل و خارج از كشور و همچنين اعلام مواضع و تحليل‌هاى عميق از مسائل ايران و منطقه: از جمله جريان جنگ اعراب و اسرائيل در سال ١٣٤٦، حضور سرمايه‌داران آمريكايى در ايران، مراسم تاجگذارى در سال ١٣٤٦، جشن‌هاى ٢٥٠٠ ساله سلطنتى در سال ١٣٥٠ و ... نمونه‌اى از فعاليت‌هاى روشنگرانه امام در نجف بود.

گرچه دولت عراق به علت تعارض با رژيم شاه، مدتى به موافقت با فعاليت‌هاى امام تظاهر مى‌كرد، اما نگران آثار اين‌گونه فعاليت‌ها بر ضد حكومت بعثى و حتى آمريكا و اسرائيل بود.

از اين رو با محدودسازى ارتباطات خارجى امام، به‌ويژه پس از سال ١٣٥٠، سعى در كنترل مبارزات ضداستكبارى داشت. در سال‌هاى ٥٦ و ٥٧ كه روابط دو دولت تحت‌تأثير شرايط خاصى دگرگون گرديد، آن‌چنان محدوديت و كنترل شديد شد كه سرانجام هجرت اجبارى امام از نجف به پاريس در مهر ماه ١٣٥٧ را در پى داشت.