كميته‌اى مركب از ٢٨ نفر به عنوان «كميسيون عالى» براى اداره كشور تعيين شدند. اين كميته در نخستين نشست خود، محمدعلى شاه را از سلطنت خلع و فرزند سيزده ساله او، احمدميرزا را به سلطنت منصوب كرد و چون او قادر به اداره سلطنت نبود، عليرضاخان عضدالملك، رئيس ايل قاجار، به نيابت سلطنت منصوب شد! اگرچه شاه مخلوع، تلاش‌هايى براى بازگشت به سلطنت كرد، ولى موفق نشد و سرانجام به كمك نيروهاى روس و انگليس، ايران را ترك گفت و تا پايان عمر در روسيه اقامت گزيد.

دادگاهى مركب از فراماسون‌ها و افرادى خاص براى محاكمه مستبدان تشكيل شد و در واقع تسويه حساب‌هاى مختلف با پوشش مجازات صورت گرفت.

شيخ فضل‌الله در مقابله با انحرافات‌

در جريان درگيرى‌هاى داخلى و مقاومت مردمى در برابر نيروهاى دولتى و قزاقان روس، فرصت‌طلبان با بهره‌گيرى از احساسات و بى‌اطلاعى بخشى از مردم و برخى از روحانيان، تلاش براى انحراف از اهداف جنبش را آغاز كردند. طرح و تبليغ ديدگاه‌هاى غيراسلامى، قراردادن پست‌هاى دولتى در اختيار افراد مشكوك و وابسته، وجود ابهامات متعدد در قانون اساسى، از جمله مواردى بود كه موجب نگرانى شمارى از علما و مبارزان شد. بنابراين عده‌اى از علما به رهبرى شيخ فضل‌الله نورى، حركتى را با شعار «مشروطه مشروعه» آغاز كردند.

شيخ كه نقش مؤثرى در پيروزى جنبش مشروطيت داشت، با بينش و تقواى خود، پيش از ديگران متوجه فرجام شوم مشروطه شد. او پذيرفت در راه عقيده خود بر سرِ دار برود، اما از مواضع اصولى خود عقب‌نشينى نكند. شيخ ديدگاه عميق و واقع‌بينانه‌اى نسبت به استقلال، عدالت و حاكميت اسلام داشت. در اعتقاد او آزادى به معناى رهايى از ستم و اجتناب از آشوب و بى‌بند و بارى بود. او درباره مشروعيت مجلس معتقد بود كه آراى مجلسيان بايد با نظارت و تنفيذ فقيه همراه شود تا مشروعيت دينى داشته باشد. انتقادهاى شيخ به مشروطه بيشتر ناظر