انتخاب نخست‌وزير موجب اوج گيرى اختلاف‌ها شد؛ چرا كه گروه انقلابى (حزب‌الله) تخصص و مكتبى بودن را از شرايط اصلى نخست‌وزير مى‌دانست؛ در حالى كه بنى‌صدر مرتب از تخصص حرف مى‌زد. سرانجام دو جناح پذيرفتند كه اختلاف موجود را در هيئتى موسوم به «هيئت ويژه تشخيص صلاحيت نخست‌وزير و وزرا» حل كنند، كه سرانجام محمدعلى رجايى، كانديداى پيشنهادى مجلس به اجبار مورد پذيرش بنى‌صدر قرار گرفت.

مرحله دوم اختلاف دو جناح بر سر انتخاب وزيران بود كه مى‌بايست نخست‌وزير آنان را معرفى و رئيس‌جمهور تأييد كند. هنگام معرفى كابينه توسط رجايى به مجلس، بنى‌صدر در صحن مجلس حاضر نشد.

سرانجام اختلاف موجود بر سر وزيران نيز در هيئت ويژه حل و فصل شد و با تشكيل دولت رجايى، نيروهاى انقلابى و حزب‌الله از موضع ضعف بيرون آمده، در رأس كارها قرار گرفتند و با عبور از اين مرحله مسئوليت سه ستون اصلى قواى سه‌گانه كشور در اختيار نيروهاى طرفدار امام و انقلاب قرار گرفت.

مرحله سوم اختلاف‌ها زمانى رخ داد كه بنى‌صدر در دومين سالگرد شهداى هفدهم شهريور در ميدان شهداى تهران سخنرانى تندى درباره مسائل جارى كشور ايراد كرد. اختلاف بين طرفداران دو گروه سرانجام به درگيرى‌هاى خيابانى تبديل شد تا جايى كه سرانجام در چهاردهم اسفند ١٣٥٩ گارد رياست جمهورى بنى‌صدر و ميليشياى (شبه نظاميان) سازمان مجاهدين خلق، با تمام توان وارد مبارزه با توده مردم مذهبى و انقلابى شدند.

اين در حالى بود كه از شهريور ١٣٥٩ توطئه‌اى سنگين‌تر از اختلاف‌هاى داخلى، يعنى جنگ تحميلى نيز آغاز شده بود. اين كشمكش‌ها تأثير مخربى بر روحيه رزمندگان داشت.

بنى‌صدر كه فرماندهى كل قوا را نيز عهده‌دار بود، خود موجب بسيارى از ناهماهنگى‌ها در جنگ بود.

وقتى اختلاف‌ها به مرحله‌اى رسيد كه امكانى براى اصلاح باقى نماند و اساس اسلام و انقلاب در خطر قرار گرفت، امام در بيستم خرداد ١٣٦٠ طى حكمى بنى‌صدر را از فرماندهى كل‌قوا عزل نمود.