فيها فروقات في التفصيل ، ومن أوسعها ترجمةلجنة التحقيق التابعة لمؤسسة الإمام الهادي ( ٧ ) في مقدمة كتابه الهداية ، وقد عدَّدوا من كتبه ٢٣١ كتاباً ، وقالوا : « ما يبعث على الأسف إنه لم يصل إلينا إلا النزر اليسير من بين هذا العدد الكبير من مؤلفات الصدوق ( رحمه الله ) التي تقدمت الإشارة إليها ، فقد أتت يد الزمان على معظمها لتحرمنا منها ، حتى أن مدينة العلم هذا السفر العظيم الذي كان يعد خامس الكتب الأربعة قد فقد وضاعت علينا أخباره !

قال المولى المجلسي ( رحمه الله ) : ولم يبق من كتبه ظاهراً عندنا إلا كتاب إكمال الدين وكتاب عيون أخبار الرضا ( ٧ ) وكتاب علل الشرائع والأحكام وكتاب ثواب الأعمال وعقاب الأعمال وكتاب معاني الأخبار وكتاب الخصال وكتاب النصوص على الأئمة الاثني عشر ( : ) ، وكتاب التوحيد ، وكتاب المقنع في الفقه وكتاب الهداية في الفقه ، وكتاب الإعتقادات ، وكتاب من لا يحضره الفقيه .

وجاء في / ١٩٢ : « كتاب مدينة العلم ذكره النجاشي . وقال الشيخ : وكتاب مدينة العلم أكبر من : مَن لا يحضره الفقيه ! وقال ابن شهرآشوب : مدينة العلم عشرة أجزاء . وقال العلامة الطهراني : كتاب مدينة العلم هو خامس الأصول الأربعة القديمة للشيعة الإمامية الاثني عشرية . قال الشيخ حسين بن عبد الصمد الحارثي في درايته : وأصولنا الخمسة الكافي ومدينة العلم وكتاب من لا يحضره الفقيه والتهذيب والاستبصار ، بل هو أكبر من كتاب من لا يحضره الفقيه فالأسف على ضياع هذه النعمة العظمى من بين أظهرنا وأيدينا ، من لدن عصر والد الشيخ البهائي . إن العلامة المجلسي صرف أموالاً جزيلة في طلبه