توفي الكليني ( رحمه الله ) ببغداد سنة ٣٢٩ ، سنة تناثر النجوم ، وعند الشيخ الطوسي سنة ٣٢٨ ، وقال السيد رضي الدين بن طاووس : وهذا الشيخ محمد بن يعقوب كانت حياته في زمن وكلاء المهدي ( ٧ ) : عثمان بن سعيد العمري ، وولده أبي جعفر محمد وأبي القاسم حسين بن روح ، وعلي بن محمد السمري ، وتوفي محمد بن يعقوب قبل وفاة علي بن محمد السمري ، لأن علي بن محمد السمري توفي في شعبان سنة ٣٢٩ ، وهذا محمد بن يعقوب الكليني توفي ببغداد سنة ٣٢٨ .

ودفن بباب الكوفة بمقبرتها في الجانب الغربي ، وكان ابن عبدون يعرف قبره ، قال : رأيت قبره في صراة الطائي ، وعليه لوح مكتوب فيه اسمه واسم أبيه ، وقد دُرس في أواخر القرن الرابع الهجري ، وقبره اليوم قائم في الجانب الشرقي ، على شاطئ دجلة عند باب الجسر العتيق جسر المأمون الحالي بالقرب منه ، على يسار الجائي من جهة المشرق ، وهو قاصد الكرخ . قال الميرزا عبد الله الأفندي : قبره ببغداد ، ولكن ليس في المكان الذي يعرف الآن بقبره .

وقال محمد تقي المجلسي : قبره ببغداد في مولوي خانه ، معروف بشيخ المشايخ ويزوره العامة والخاصة ، وسمعت من جماعه من أصحابنا ببغداد ، أنه قبر محمد بن يعقوب الكليني ، وزرته هناك . وقال الشيخ يوسف البحراني : وقبر هذا الشيخ الآن ، بل قبل هذا الزمان في بغداد مزارٌ مشهور ، وعلىه قبة عالية » .

* *