المرجع ابن الحوزة العلمية ، فقد درس فيها ودرَّس . والحوزة العلمية اسم لمركز فيه مدارس وطلبة يَّدرسون علوم الدين ، فهو يساوي الجامعة العلمية أو المدينة والحاضرة العلمية ، وربما تسمى المدرسة الواحدة في بلد بالحوزة العلمية .

وأكبر حوزتين عند الشيعة : حوزة النجف الأشرف وقم المشرفة ، وتضم كل منها ألوفاً مؤلفة من الطلبة ، والعديد من كبار العلماء ، وعدداً من الفقهاء ، ومن بين هؤلاء يبرز كبار الفقهاء ، ويكونون مراجع .

وتضم الحوزة مؤسسات علمية وأوقافاً عديدة ، كالمدارس ، والمكتبات ، وبيوت سكن للطلبة ، والعلماء ، وغيرها .

والطابع العام لإدارة هذه الأوقاف : احترام إرادة الواقف ومتولي الوقف فيها ، وغالباً ما تشترط وقفيتها إشراف المرجع العام ، أي الذي يرجع اليه أكثرية الشيعة في العالم ، والذي يحترم رأيه وتوجيهاته في إدارة الحوزة وطلبتها .

ويقوم المرجع عادة برعاية هذه الأوقاف ومساعدتها مالياً ، لتواصل العمل لهدفها الذي نصت عليه وقفيتها . كما يقوم بتأسيس المشروعات اللازمة للحوزة من مدارس أو مساكن أو مكتبات .

أما المشروعات في بلاد الشيعة ، فغالباً ما يقوم بها علماء أو أشخاص من أهل الخير ، ويساندهم المرجع معنوياً ، ويعطيهم إجازة بصرف قسم من الحقوق الشرعية التي في ذمة مقلديه في مصارف هذه المشروعات .