اجراى تغييرات و اصلاحات مورد نظر آمريكا، در جهت تضعيف نهاد مرجعيت گام برداشت و در صدد برآمد تا پايگاه مرجعيت را از قم به نجف اشرف منتقل كند. ازاين‌رو پيام تسليت رحلت آيت الله بروجردى را به آيت الله سيد محسن حكيم- مجتهد شيعى عراق- ارسال كرد. علماى ايران اين اقدام شاه را بى‌اعتنايى به مراجع قم و قدم اول در راه تضعيف عالمان دينى تلقى كردند؛ هرچند شاه در چنين هدفى موفق نشد، اما علاقه‌مند بود كه مقام مرجعيت در ايران متمركز نگردد[١] در اين راستا، شاه در ١٦ مهر ماه ١٣٤١ تصويب طرح انجمن‌هاى ايالتى و ولايتى را اعلام كرد. اين لايحه كه در جاى خود به آن خواهيم پرداخت با مخالفت مراجع دينى از جمله آيت الله گلپايگانى قدّس سرّه روبهرو شد؛ ايشان در تلگرام خود به امير اسد الله علم چنين مى‌نويسد:

«... اگر به بقاى اين مملكت و مصالح عاليه‌ى آن علاقه داريد، بايد بدانيد كه به اتكاى قدرت شخصى، جعل قانون و مقررات، آن‌هم برخلاف قوانين مقدسه‌ى اسلامى، غير قابل اغماض و سبب تزلزل اركان استقلال مملكت است و بعد از اين‌همه تذكرات و تلگرافات علماى اعلام و طبقات مختلف شهرستان‌ها، هرگونه مسئوليتى متوجه جناب عالى خواهد بود ... در اين مملكت ثابت‌تر از ايمان و ديانت و علاقه‌ى مردم به سنن اسلامى اصلى نيست؛ اگر به اين اصل تجاوز شود و به تذكرات جامعه‌ى روحانيت و مسلمين اعتنا نگردد، حافظ و

[١] در نجف اشرف علما و مراجع بسيارى وجود داشتند. لكن آيت الله سيد محسن حكيم و آيت الله سيد عبد الهادى شيرازى از شهرت بيشترى برخوردار بودند؛ با اين تفاوت كه آقاى حكيم هم عراقى بود و هم دروس خود را به زبان عربى تدريس مى‌كرد و بيشتر در ميان كشورهاى عرب زبان نفوذ داشت. علت اين‌كه محمد رضا شاه به جاى آيت الله شيرازى به آيت الله حكيم تسليت گفت اين بود كه هم غير ايرانى و هم حوزه‌ى نفوذش غير از ايران بود؛ بنابراين هرچه مرجعيت در بيرون كشور متمركز مى‌شد به نفع تهران بود.( عبد الوهاب فراتى، از مرجعيت تا تبعيد امام خمينى قدّس سرّه، ص ٣٠)

امام خمينى قدّس سرّه چندى پس از رحلت آيت الله بروجردى در يكى از سخنرانى‌هاى خود به اين موضوع اشاره كرد:« اين‌ها از زمان مرحوم آقاى بروجردى اين نقشه را داشتند. منتها با بودن ايشان مى‌ديدند كه مفسده دارد اگر بخواهند كارهايى را انجام بدهند. بعد از اين‌كه ايشان تشريف بردند به جوار رحمت حق تعالى از همان اول اين‌ها شروع كردند به اسم احترام از مركزى، كوبيدن اين مركز را ... نه از باب اين‌كه به نجف علاقه داشتند، از باب اين‌كه قم را نمى‌خواستند. قم ... نزديك بود به اين‌ها، مفاسد را زود ادراك ممى‌كرد و كارهاى اين‌ها زود در آن منتشر مى‌شد. اين‌ها قم را نمى‌خواستند منتها نمى‌توانستند به صراحت لهجه بگويند قم نه؛ مى‌گفتند نجف آره، مشهد آره.»( صحيفه‌ى نور، ج ١، ص ٦٦)