كتب السيد الجزائري مؤلفات و رسائل كثيرة، قد تجاوزت جهود الفرد الواحد، على الرغم كما عرفناه من سيرة حياته، من عدم استقراره و تفرغه للعلم، و توارد الهموم و الغموم و الغربة عليه، و لكن تلك التأليفات الرائقة فضل و توفيق من اللّه تعالى لعباده الصالحين، و هي:

١- الإجازات، كتبها لتلاميذه و معاصريه.

٢- الأنوار النعمانية في بيان معرفة النشأة الانسانية.

٣- أنيس الفريد أو أنيس الوحيد في شرح التوحيد، و هو عين كتابه نور البراهين.

٤- الأيام النحسة و السعيدة.

٥- تحفة الاسرار في الجمع بين الاخبار.

٦- الجواهر الغوالي في شرح عوالي اللآلي.

٧- حاشية الاستبصار.

٨- حاشية أمل الآمل.

٩- حاشية توحيد الصدوق قدس سره.

١٠- حاشية زبدة البيان.

١١- حاشية شرح ابن أبي الحديد على نهج البلاغة.

١٢- حاشية شرح الجامي.

١٣- حاشية شرح اللباب.

١٤- حاشية الصحيفة الكاملة.

١٥- حاشية المغني اللبيب عن كتب الأعاريب.

١٦- حاشية نقد الرجال.