شيرخوارگى مرجع بزرگوار در آغوش آن محترمه گذشته است و چنان‌كه ذكر شد در سال ١٣١٩ ه. ق به هنگام وضع حمل فرزند بعدى، بر اثر زايمان غير طبيعى از دنيا رفته‌اند. خداوند در پى توسل پدر به امام رضا عليه السّلام، در دو نوبت، دو فرزند پسر به او عطا مى‌فرمايد كه اولين آن، حضرت آيت الله گلپايگانى قدّس سرّه بوده‌اند و بعد از مدتى همسر آن سيد بزرگوار باردار مى‌شوند، ليكن به هنگام تولد فرزند دوم، مادر و پسر هر دو از دنيا مى‌روند. مرحوم آقاى سيد محمد باقر موسوى از اين محترمه گويا هشت پسر داشته‌اند كه همگى فوت كردند و دختران متعدد هم داشته‌اند. بعد از درگذشت همسر خود با زنى ديگر در همان منطقه ازدواج كرد. آن زن نسبت به آيت الله گلپايگانى قدّس سرّه بسيار مهربان بوده و معظم له اين نكته را ذكر مى‌كردند و از احسان و نوازش‌هاى او ياد مى‌نمودند.

همسر دوم مرحوم سيد محمد باقر يك دختر داشته‌اند كه آن‌هم بعد از درگذشت پدر به فاصله‌ى كمى از دنيا رفته‌اند.[١] آيت الله گلپايگانى قدّس سرّه در سه سالگى، مادر و در نه سالگى، پدر را از دست مى‌دهند.[٢]

دوران كودكى‌

همان‌طور كه اشاره شد، آيت الله گلپايگانى قدّس سرّه دو يا سه ساله بود كه از نعمت وجود مادر، محروم شد. پدر، فرزند خرسال خود را در سن پنج سالگى روانه‌ى مكتب مى‌كند تا تحصيلات اوليه را با خواندن و نوشتن و قرائت قرآن شروع نمايد؛ معظم له خود در اين پاره چنين مى‌فرمايند:

«پدرم كه ما را به مكتب فرستاده بود، كتاب «حيات القلوب» را دستم داده بود كه در مكتب بخوانم.»[٣]

بنابراين دوران كودكى آيت الله با فراگرفتن قرآن و كتاب‌هايى مانند حيات القلوب سپرى شد، در اثناى اين دوران بوده كه سايه‌ى پدر از سر فرزند كوتاه شد و ايشان در سن نه سالگى پدر را از دست دادند. آن‌چه مسلم است و معظم له از دوران كودكى‌

[١]. ر. ك: على كريمى جهرمى، پيشين، ص ١٤ و نيز ناصر الدين انصارى، پيشين، ص ١٨، با اندكى تصرف

[٢]. محمد واعظزاده خراسانى، زندگى‌نامه‌ى آيت الله گلپايگانى قدّس سرّه، مشكوة، شماره‌ى ٤٠، تهران پاييز ١٣٧٩

[٣]. ناصر الدين انصارى قمى، پيشين، صص ١٨- ١٩