چنانكه در نامه‌هاى سيد به علماء شيعه خوانديم، او از «زندقه» و «كفر» وزير اعظم! هم ناله‌ها دارد و شكايتها مى‌كند. جالب آنكه، سرانجام اين ناله‌ها و فريادها كار خود را كرد و ميرزا على‌اصغرخان- امين! السلطان و اتابك اعظم!- از طرف مراجع بزرگ نجف اشرف «تكفير» شد و حكم «ارتداد» ش صادر گرديد. چون اين حكم در كتب مربوط به زندگى اتابك كه عمدتاً از سوى هواداران وى مانند ابراهيم صفائى و مهراب اميرى- تأليف گرديده، نقل نشده است و از سوى ديگر از نظر تاريخى اهميت دارد و در بركنارى و سركوبى او نقش مهمى را ايفا كرده است، براى تكميل تاريخ زندگى وى، متن تكفيرنامه مراجع را در اينجا مى‌آوريم: بسمه تبارك و تعالى بر قاطبه اهل اسلام سيما ساكنين ايران مخفى نماند كه تسلط كفر و استيلاء اجانب بر نفوس محترمه اسلاميه و بخشيدن حريّت بفرقه ضالّه بابيّه، خذلهم‌اللَّه و اشاعه منكرات و اباجه بيع مسكرات در ايران، بحدى رسيده كه جاى توقف و مجال تأمل باقى نمانده و يوماً فيوماً در تزايد و از آنچه در مقام تدبير و رفع اين عوامل هائله شده اثرى نديديم و اين نيز بر ما ثابت و محقق گرديد كه تمام اين مفاسد مستند به شخص اول دولت عليه ايران، ميرزاعلى اصغرخان، صدراعظم است. و پادشاه اسلام اعليحضرت مظفرالدين شاه ايران خلداللَّه ملكه در نهايت دين‌دارى و رعيت‌پرورى رغبت و اهتمام را در حفظ حدود مسلمين داشته و تمام اين مفاسد را اين شخص خائن ملت و دولت اسلام بر آن ذات اقدس اعمال نموده، چاره‌اى جز اظهار،