مضافاً إلى ذلك ، فإنّ الإشراف الكامل على نشاط المؤسّسة على الصعيد العلمي والفني والإداري والمالي وإقالة وتنصيب أعضاء الهيئة الإدارية واستحداث وحذف بعض الأقسام في المؤسّسة من شؤون رئاسة المؤسّسة ، علماً أنّ رئاسة المؤسّسة قد اُسندت لسماحة آية اللّه‌ السيد محمود الهاشمي على أساس الحكم الصادر عن قائد الثورة الإسلامية (دام ظلّه) .

ج ـ الهيئة العلمية :

من الركائز الأساسية لمؤسّسة دائرة المعارف للفقه الإسلامي وفقاً لمذهب أهل البيت (عليهم ‌السلام) الهيئة العلمية المؤلّفة من أحد عشر عضواً من الفقهاء والمجتهدين ، ويُعدّ إشراف هؤلاء العلماء على النشاط العلمي والفقهي للمؤسّسة ضامناً لصحّة منهجها وحسن اختيارها للمصادر والمباني المعتمدة .

ومن المهام التي تنهض بها الهيئة العلمية عرض منهج علمي تخصّصي يوفّق بين توجيهات قائد الثورة الإسلامية ، وكلّ ما من شأنه أن يرفع من مستوى المؤسّسة ويحقّق أهدافها ، والإشراف على جميع النشاطات العلمية والمناهج المعتمدة والبرامج المعدّة ، وتقديم الاقتراحات والاُطروحات ، وذلك من أجل تطوير المؤسّسة وإغناء برامجها وتعجيل مسيرها التكاملي .

د ـ الهيئة الإدارية :

تتقوّم الهيئة الإدارية برئيس المؤسّسة ومعاون الرئيس ومدراء الأقسام العلمية ومدير قسم الخدمات ، وتقع على هذه الهيئة مسؤولية إعداد البرامج العلمية للمؤسّسة والسعي في تنفيذها وإجرائها .

ويمكن إجمال نشاط هذه الهيئة باُمورٍ أهمّها :

أ ـوضع المخطط العام لتأليف «دائرة المعارف» وتعيين مراحل هذا المخطط الرئيسية والجزئية .

ب ـالمناقشة العلمية الدقيقة والشاملة للمواد والقواعد الفنية