خلافت على عليه السلام در اواخر سال سى و پنج هجرى قمرى شروع شد و تقريباً چهار سال و نُه ماه ادامه يافت. على عليه السلام در خلافت رويه پيغمبر اكرم صلى الله عليه و آله را معمول مى‌داشت‌ [١] و غالب تغييراتى را كه در زمان خلافت پيشينيان پيدا شده بود به حالت اولى برگردانيد و عمال نالايق را كه زمام امور را در دست داشتند از كار بركنار كرد [٢] و در حقيقت يك نهضت انقلابى بود و گرفتارى‌هاى بسيارى در برداشت.

على عليه السلام نخستين روز خلافت در سخنرانى كه به مردم نمود چنين گفت:

«آگاه باشيد گرفتارى كه شما مردم هنگام بعثت پيغمبر خدا داشتيد امروز دوباره به سوى شما برگشته و دامن گيرتان شده است. بايد درست زير و روى شويد و صاحبان فضيلت كه عقب افتاده‌اند پيش افتند و آنان كه بنا روا پيشى مى‌گرفتند عقب افتند (حق است و باطل و هر كدام اهلى دارد بايد از حق پيروى كرد) اگر باطل بسيار است چيز تازه‌اى نيست و اگر حق كم است گاهى كم نيز پيش مى‌افتد و اميد پيشرفت نيز هست. البته كم اتفاق مى‌افتد كه چيزى كه پشت به انسان كند دوباره برگشته و روى نمايد.» [٣]

على عليه السلام به حكومت انقلابى خود ادامه داد و چنان‌كه لازمه طبيعت هر نهضت انقلابى است عناصر مخالف كه منافع‌شان به خطر مى‌افتد از هر گوشه و كنار سر به مخالفت برافراشتند و به نام خون‌خواهى خليفه سوم جنگ‌هاى داخلى خونينى برپا كردند كه تقريباً در تمام مدت خلافت على عليه السلام ادامه داشت. به نظر شيعه مسببين اين جنگ‌هاى داخلى جز منافع شخصى منظورى نداشتند و خون‌خواهى خليفه سوم‌

[١] . تاريخ يعقوبى، ج ٢، ص ١٥٤

[٢] . همان، ص ١٥٥ و مروج الذهب، ج ٢، ص ٣٦٤

[٣] . نهج‌البلاغه، خطبه ١٥