دينى در امور شخصى و عبادى مطرح است، ولى در رهبرى سياسى و تصدى ولايت فقيه علاوه بر «صلاحيت علمى لازم براى افتا در ابواب مختلف فقه»، پارامترهاى ديگر و شايد و مهمترى نظير مديريت، مدبريت و بينش سياسى- اجتماعى مورد نياز است كه در مرجعيت دينى متعارف مطرح نيست.
تفاوتهاى ديگر مرجعيت و رهبرى‌ علاوه بر تفاوتهاى ذكر شده ميان مرجعيت و رهبرى بين اين دو منصب، چند تفاوت ديگر هم وجود دارد كه به اهّم آنها اشاره مى‌شود.
١- در شيوه گزينش ولى فقيه طبق اصل پنجم و يكصد و هفتم پس از دارا بودن شرايط و صفا مطرح شده در متون دينى، بايد از طرف اكثريت مردم يا توسط خبرگان آنان برگزيده شود در حالى كه شيوه گزينش مرجع تقليد چنين نيست. زيرا معمولًا مرجع تقليد به مرور زمان به مرتبه‌اى از شهرت علمى مى‌رسد كه شناخته مى‌شود و يا دو نفر عالم خبره او را به مردم معرفى مى‌كنند.
٢- مراجع تقليد در يك كشور ممكن است متعدد باشند، ولى رهبر و ولى فقيه نمى‌تواند متعدد باشد.
٣- ولى فقيه را- در شرايطى خاص كه در قانون اساسى آمده- مى توان از مقام خود عزل كرد ولى مرجع تقليد به شيوه عزل رهبرى معزول نمى‌شود.
توضيح آن‌كه هم رهبرى و هم مرجع تقليد، با فقدان يكى از شرايط، صلاحيت شرعى تصدى منصب افتا و رهبرى را از دست داده، از اين مقام دينى منعزل هستند، ولى در مرجع تقليد فاقد صلاحيت هر چند نبايد از او تقليد كرد، اما چنين نيست كسى از او تقليد نمى كند، چه بسا كه مرجع يا مراجع تقليد اين چنينى داراى رساله‌هاى عمليه بوده و مقلدانى دارند و كسى هم متعرض آنها نمى شود؛ زيرا آنهايى كه از چنين مرجعى تقليد مى كنند به زعم خود او را شايسته مرجعيت مى دانند.
اما در ولى فقيه به محض از دست دادن يكى از شرايط و صفات رهبرى به خاطر حساسيت منصب رهبرى، عدم صلاحيت چنين رهبرى از سوى خبرگان رهبرى اعلام،