اسلامى و آيين كشوردارى از خود به يادگار گذاشت. نايينى اين كتاب را كه تا آن زمان در نوع خود بى‌نظير بود در پاسخ گروه «مشروطه» خواهان دين‌ستيز نوشته، و در آن درباره ريشه نهضت مشروطيت و مبارزه با استبداد در تاريخ اسلام شرح كافى ارايه كرده است.
او در اين كتاب بخوبى توانسته، سيماى روشنى از نوع حكومتى را كه عالمان دينى در صدر مشروطه در پى عدالت‌طلبى و اسلام‌خواهى خود داشتند، به جامعه مسلمانان آن‌روز عرضه كند، و آنان را از ابهام و سردرگمى درآورد. نائينى در اين كتاب، بهتري حاكميت دينى ١١٩ رأى مردم و مشروعيت ص : ١١٨ ن وسيله براى رسيدن به حكومت عادلانه و حافظ منافع ملت را اين دانست كه شخص والى و حاكم، بايد صاحب «عصمت نفسانى» باشد تا فقط اراده خداوندى بر وى حكومت كند.
همچنين او در كتاب خويش از نظارت عقلا و انديشمندان خيرخواه ملت و آگاه به‌حقوق مشترك بين‌الملل بر كار حكومت سخن گفته، كه چيزى در حد مجلس نمايندگان ملت محسوب مى‌شود؛ و نيز از تصويب قانون اساسى به عنوان يك ضرورت ياد كرده، و در برابر كسانى كه تصويب قانون اساسى را با وجود احكام و قوانين اسلام بدعت مى‌شمرند، سخت موضع گرفته، و تأكيد نموده جلوگيرى از ظلم و فساد بدون داشتن قانون اساسىِ منطبق با مبانى اسلامى امكان‌پذير نيست. «١» به گفته استاد شهيد مطهرى او در اين كتاب، تفسير دقيقى از توحيد عملى، اجتماعى و سياسى اسلام با استدلالها و استشهادهاى متقن از قرآن و نهج‌البلاغه ارايه كرده است، اماافسوس كه جو عوام‌زده آن زمان كارى كرده كه آن مرحوم پس از نشر كتاب، يكباره مهر سكوت بر لب زده و دم فروبندد. «٢» حكومت و ولايت فقيه در انديشه آيةا ... بروجردى‌ اين فقيه بزرگ، از جمله فقهايى است كه در مباحث دروس خارج خود ولايت فقيه را به بحث گذاشت و به‌طور مستدل ضرورت عقلى حكومت و ولايت فقيه را به اثبات رسانده است.
در اينجا استدلال ايشان را بر ضرورت حكومت و ولايت فقيه در عصر غيبت كه‌