آخوند ملاحسين - جدّ خاندان - اصالتاً از مردم اصفهان[١]، و فرزند مرحوم ملا احمد از کشاورزان اصفهان بود. ملا احمد، انساني متدين وعلاقه مند بود که فرزندش در امور ديني به تحصيل بپردازد، لذا حسين را در اوان جواني، به اصفهان فرستاد تا به تحصيل علوم ديني نزد استادان حوزه اصفهان بپردازد. ملاحسين پس از تحصيل علوم مقدماتي و سطح در شهر اصفهان، به منظور تداوم تحصيلات ديني خود، عازم حوزه علميه‌ي نجف اشرف شد.[٢]

[١]. اهل تل خونچه، یکی ازروستاهای اطراف اصفهان، که بااین شهر تقریباً ٤٠ کیلومتر فاصله دارد.( خاطرات آیة الله حاج آخوند).

[٢]. آغاز پیدایش حوزه علمیه نجف از هنگام عزیمت عالم وفقیه بزرگ جهان تشیّع شیخ طوسی، از بغداد به نجف است. شیخ الطائفه ابو جعفر محمد بن حسن بن علی طوسی، درماه رمضان سال ٣٨٥ ق در خراسان دیده به جهان گشود. خاندان او، یکی از خاندان های شیعیِ ساکن در مجاورت بارگاه امام هشتم شیعیان بود. وی درسال ٤٠٨ ق، درسنّ ٢٣ سالگی برای تکمیل تحصیلات خویش در رشته علوم اسلامی، ازایران به بغداد عزیمت کرد و مدت ها از محضر دو تن از دانشمندان نامدار شیعه به نامهای شیخ مفید وسیّد مرتضی بهره برد ؛ پس از رحلت سیّد مرتضی، زعامت شیعیان به او رسیّد و حوزه‌ی تدریس وی در بغداد، پذیرای صدها دانشمند در علوم گوناگون اسلامی شد. این حوزه‌ی فعال و پرنشاط تا سال ٤٤٨ ق، هم چنان به فعالیّت علمی خود ادامه داد.

با سقوط آل بویه و استقرار حکومت سلجوقیان، اوضاع بغداد و شهرهای اطراف آن به شدت نابسامان شد وشیعیان که نزدیک به یک قرن با آزادی کامل دریکی ازمراکز بزرگ فرهنگ و علوم اسلامی مشغول تحقیق و پژوهش بودند، به شدت مورد تهاجم وقتل وشکنجه قرار گرفتند.

در سال ٤٤٨ ق پس ازآشوب هایی که رخ داد، بسیاری از شیعیان به قتل رسیّدند، تعداد زیادی از خانه‌ها ومغازه‌های آنان در کام آتش سوخت و طلاّب و عالمان شیعه در معرض تهاجمات دشمنان واقع شدند. در پی این آشوب ها، عده‌ای به منزل شیخ طوسی حمله بردند و قصد کشتنش را کردند و چون اورا نیافتند، وسایل منزل و کتاب های گران قدرش را به آتش کشیدند.

شیخ طوسی که شرایط بغداد را نابسامان دید، به شهر نجف اشرف هجرت کرد و در آن جا به سبب آن که از موقعیت علمی بسیار ممتازی برخوردار بود، ده ها دانشمند وعالم شیعه دراطرافش گردآمدند وصدها دانش پژوه به تحقیق وتألیف مشغول شدند. تلاش دوازده ساله شیخ طوسی در نجف اشرف منجر به پایه‌گذاری و تأسیس حوزه علمیّه‌ی غنی وپرباري شد که از آن زمان تاکنون، کانون نشر و تبلیغ فرهنگ و معارف اسلامی بوده است.[ براي آگاهي بيشترازحوزه علميه نجف اشرف رك : نجف، کانون تشیّع، ص١٢٤].