بعد إنهائه لمرحلة السطوح العليا، التحق سماحته بالدراسات العليا في الحوزة، وهي ما يُعرف بمرحلة: (البحث الخارج)، وقد حضرها فقهاً وأصولًا لمدة سنتين عند أستاذه الكبير، ومربِّيه الأول؛ عملاق مفكري الإسلام؛ سماحة آية الله العظمى الشهيد السعيد السيد محمد باقر الصدر اعلى الله مقامه الشريف.

يقول العلامة السيد الغريفي حفظه الله:" وقد تعرّف الشيخ عيسى على السيد الصدر، واقترب منه، وتعمّقت علاقة الشيخ مع الشهيد الصدر من خلال حضور بحث الخارج فقهاً وأصولًا".

ويقول سماحة السيد عبد الكريم القزويني حفظه الله:" ومن جملة صفاته أيضاً: الاشتغال بالدرس، والجديّة في طلب العلوم، وكان يتمتع بفهم وذكاء يجعله من الطلبة المتفوقين في ذلك الوقت في الدرس، وكان‌