ومن جهة أخرى كان يريدان المحافظة على استقلالية المرجعية والحوزة العلمية والجهاز الديني الشيعي عن السلطة حتى لو كانت شيعية ولذا أنشأوا مدارسهم ومراكزهم الدينية المستقلة ، وأعطوا الاستقلال لمؤسسات المذاهب الأربعة ، فتركوا للمدرسة النظامية والمستنصرية أوقافهما الواسعة ووارداتها الضخمة !

قال الذهبي في تاريخه : ٤٦ / ٧ : « رأيت نسخة كتاب وقفها ( المستنصرية ) في خمسة كراريس ، والوقف عليها عدة رباع وحوانيت ببغداد ، وعدة قرى كبار وصغار ما قيمته تسع مائة ألف دينار فيما يخال إليَّ ، ولا أعلم وقفاً في الدنيا يقارب وقفها أصلاً سوى أوقاف جامع دمشق ، وقد يكون وقفها أوسع » .

وقال في سيره : ٢٣ / ١٥٧ : « بلغ مَغَلُّ وقف المستنصرية مرة نيفاً وسبعين ألف دينار في العام ) . انتهى . ولم يأخذ الشيعة من ماليتها لأوقافهم فلساً واحداً واتجهوا بدله إلى تقوية المؤسسات الشيعية الأهلية كالحوزات والمساجد والمشاهد .

إن الحرية المذهبية جزءٌ من فكر المذهب الشيعي وقناعة فقهائه ، وهي التي حققت النجاح للسلطة الشيعية في عهد الجوينينن ، وبعدهم .

قال السيد المرعشي في شرح إحقاق الحق : ٧ / ٤٠٢ : « ولا يخفى على من تأمل في تواريخ الدولة القاهرة الإيلخانية المنسوبة إلى السلطان الفاضل السعيد أولجايتو محمد خدابنده ، أن زمانهم أكثر تربية للأولياء والعلماء الحكماء والفقهاء ، وكان معاصر المصنف العلامة خلق كثير كنجم الدين عمر الكاتبي القزويني ،