در برخى از نسخه‌هاى كهن پاره‌اى از واژه‌ها با اعراب ضبط شده بود كه لزوما هميشه با اعرابهاى امروزين كلمات سازگارى نداشت.همۀ اعرابهاى نامعهود را به‌ويژه اگر مربوط به نسخۀ اساس بود در چاپ حاضر به دست داديم تا پژوهندگان مباحث لغوى و زبانى را از فايده‌هاى احتمالى آن محروم نكنيم.در اين گونه مجلّدات علاوه بر فهارس معمول،«فهرست واژه‌هاى مشكول»را هم جداگانه داديم تا دستيابى بر آنها آسان باشد.

علاوه بر اعراب نسخه‌ها،براى كمك به درست خوانى متن،گذشته از سجاوندى دقيق و مضبوط،بسيارى از كلمه‌ها را خود با مراجعه به كتب لغت - اعراب‌گذارى كرديم.در اين كار و به‌ويژه در مورد نامهاى خاصّ كوشش بيشترى معمول داشتيم و با استمداد از منابع و مآخذ متعدد و مطمئن مانند،المعارف ابن قتيبه، جمهرة انساب العرب اندلسى،سيرت رسول اللّه ابرقوهى،تاريخ پيامبر اسلام آيتى و...اعراب اسامى را تقريبا در همۀ موارد،حتّى در خود فهرستها به دست داديم كه اميدواريم جويندگان را مفيد افتد.

با همۀ كوششى كه براى رفع مشكلات متن براساس نسخه‌ها به كار برديم نتوانستيم بر همۀ موارد ابهام فائق آييم موردهايى هست كه به رغم مقايسۀ دقيق نسخه- بدلها و جست‌وجوهاى گسترده و زمان‌گير در تفسيرها و متون اسلامى باز هم روشن نشد.در موارد مشكوك با قيد«كذا»بر دقتهاى موردى نسخه‌ها تأكيد كرده‌ايم،و آنجا كه ابهام از نظر ما مسلّم بوده و همۀ جست‌وجوهاى ما هم براى كشف آن ناكام مانده است،مورد را با علامت پرسش(؟)مشخّص كرده‌ايم تا توجّه پژوهندگان و ناقدان را به خود جلب كند.

ترجمۀ آيات در متن نسخه‌هاى خطّى لفظ به لفظ بين السّطور آمده است،كه به- لحاظ مشكل حروف چينى و برخى ملاحظات ديگر،ترجمۀ هر آيه،بلافاصله پس از متن عربى،البتّه با حروف نازك رو به روى آن آمده است.

شماره‌گذارى آيات بر مبناى قرائت حفص و همان است كه مثلا در المعجم المفهرس لألفاظ القرآن الكريم فؤاد عبد الباقى و اكثر قرآنهاى منطبق بر روايت مورد قبول شيعه آمده است.بنابراين اگر گاهى شمارۀ آيه‌اى كه در مقدّمۀ هر سوره توسّط