پس از بيان تعاريف مختلف دين و دين پژوهى و انواع آن، نوبت به روش شناسى آن رسيده است و اين كه آيا در عرصه ى پژوهش هاى دينى و مسائل مختلف دين پژوهى اعم از كلام، فلسفه ى دين، روان شناسى دين، جامعه شناسى دين و...

تنها بايد از روى كرد برون دينى بهره برد يا روى كرد درون دينى نيز كارآمد است؟

آيا روش تجربى در اين قلمرو به كار گرفته مى شود يا فقط بايد به روش عقلى رو آورد. علامه ى طباطبايى در باره ى اهميت نقش روش شناختى دين پژوهى در معارف دينى و تفسير قرآن مى نويسد:

«عده اى به نام حديث شناس، در فهم معانى آيات به روايات صحابه و تابعان اكتفا كرده و بدون توجه به مضمون روايت و به كار انداختن عقل و انديشه به آن احاديث عمل مى نمودند; در حالى كه نه تنها قرآن، عقل را از اعتبار ساقط نكرده است بلكه اعتبار قرآن و كلام خدا بودن آن به وسيله ى عقل ثابت مى گردد; و هم چنين قرآن كريم حجيّتى براى كلام صحابه و تابعان و امثال آن ها اثبات نكرده است و اصولا چگونه مى توان سخن صحابه را با اين همه اختلاف هاى فاحش حجت دانست.

متكلمان نيز در اثر اختلاف مسلك، گرفتار آراى مختلف در تفسير و فهم معانى آيات قرآنى شدند و اگر آيه اى با آراى آن ها مخالف بود، به تأويل آن مى پرداختند و اين كار به تطبيق شباهت بيش ترى دارد تا به تفسير; زيرا وقتى ذهن آدمى مشوب و پاى بند نظريه هاى خاصى باشد، در حقيقت عينك رنگين به چشم دارد كه قرآن را نيز به همان رنگ مى بيند و مى خواهد نظريه ى خود را بر قرآن تحميل نموده و قرآن را با آن تطبيق دهد.

فرق است بين اين كه يك دانشمند، وقتى پيرامون آيه اى از آيات فكر و بحث مى كند، با خود بگويد:

ببينيم قرآن چه مى گويد؟