فيلسوفان دين در تعيين مصاديق گوهر و صدف دين اختلاف دارند; هم چنان كه در روش شناسى تعيين مصاديق آن ها نيز ديدگاه هاى متفاوتى وجود دارد; اين كه آيا اين مطلب را از درون دين بايد پرسيد يا روش هاى برون دينى مصاديق گوهر و صدف را تعيين مى كند؟

ـ زبان دين

آيا گزاره هاى دينى، شناختارى اند يا غير شناختارى؟

آيا انشايى اند يا اخبارى؟

آيا انشايى احساسى هستند يا انشايى تحريكى؟

ـ تعارض علم و دين

آيا علم و دين و گزاره هاى علمى و دينى با يك ديگر تعاون دارند يا تعارض؟

آيا پيش فرض هاى علمى و دينى يا روحيه ى علمى و روحيه ى دينى با يك ديگر هم خوانى و سازگارى دارند يا خير؟

راه حل هاى تعارض علم و دين كدام اند؟

ـ تحقيق پذيرى گزاره هاى دينى

از چه طريقى مى توان صحت و سقم گزاره هاى دينى را تحقيق و اثبات كرد؟

ـ پلوراليسم دينى و دعوى صدق انحصارى اديان

آيا از ميان اديان مختلف مى توان به حقّانيّت يك نواخت همه ى اديان حكم كرد؟

يا اين كه بايد دعوى صدق انحصارى اديان را پذيرفت و يا اين كه به شمول گرايى و حقّانيّت مطلق يك دين و حقّانيّت فى الجمله ى اديان ديگر رو آورد؟

ـ رابطه ى عقل و دين

آيا باورهاى دينى با عقل و مدل هاى مختلف عقلانيت سازگارى دارد؟

در صورت تعارض، چه راه حلى مى توان پيشنهاد كرد؟

ـ ايمان

حقيقت و ماهيت ايمان چيست؟

آيا نوعى تعهدات فعل نفسانى است يا انفعال نفسانى؟

آيا عمل به مفاد قرآن شرط ايمان است يا جزء ايمان؟

رابطه ى ايمان با مقوله هاى ديگرى مانند عشق، اميد، رنج و علم چيست؟

ـ صفات خداوند

اين مسئله، در غرب مقدم بر اثبات خدا است، زيرا تا صفتى براى خدا شناخته نشود، نمى توان به اثبات وجود آن پرداخت و هم چنين با توجه به اختلاف اديان در باره ى صفات الهى، اهميت اين مسئله از اثبات وجود خداوند مهم تر است.

ـ مسئله ى شر و عدالت الهى

با وجود شرور طبيعى مانند زلزله، بيمارى ها و شرور اختيارى مانند فقر و...، عدل الهى چگونه قابل توجيه است؟

ـ ادله ى عدم اعتقاد به خدا و ادله ى نگرويدن انسان ها به خداوند

مسئله ى شرور و صفات الهى نيز در اين جا مطرح مى گردد.

ـ ادله ى اعتقاد به خدا

براهين مختلف اثبات خدا از جمله براهين وجود شناختى، جهان شناختى، غايت شناختى، اخلاقى، تجربه ى دينى، فطرت، اتقان صنع، مردم پسند و احتمالات در اين جا تبيين مى شود.

ـ مسئله ى نفس و خلود آن و روى كردهاى مختلف جاودانگى انسان.

ـ تجربه ى دينى و تفاوت آن با فطرت و وحى و تجربه ى عرفانى.

ـ رابطه ى دين و دنيا

آيا دين با امور دنيوى پيوندى دارد يا اين كه بايد به جدا انگارى دين از دنيا و سكولاريسم روى آورد؟

آيا در حقيقت، فرايندِ سكولاريزاسيون در همه ى جوامع معاصر گريز ناپذير است؟

ـ رابطه ى دين و اخلاق: آيا اخلاق و دين مستقل از يك ديگرند يا با هم تداخل دارند؟

ـ معرفت شناسى دينى: بررسى احكام و عوارض معارف دينى.

ـ روش شناسى دين پژوهى

آيا در دين شناسى و دين پژوهى، تنها بايد به متون دينى اكتفا كرد؟

آيا عقل مقدم است يا نقل؟ ـ و...